Giáo trình Sinh học đại cương - Nguyễn Thị Mai Dung

Nội dung text: Giáo trình Sinh học đại cương - Nguyễn Thị Mai Dung

1. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - ĐẠI HỌC HUẾ Nguyễn Thị Mai Dung Giáo trình Sinh học đại cương Huế, 2006.
2. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 1 Mở đầu SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG Thế giới sinh vật rất đa dạng biểu hiện ở các loài và các cấp độ tổ chức từ thấp lên cao. Sự sống có cấu tạo vật chất phức tạp, thu nhận và biến đổi năng lượng tinh vi, chứa và truyền đạt thông tin di truyền cùng nhiều biểu hiện như sự tăng trưởng, vận động, trao đổi chất, sinh sản, thích nghi, tiến hóa và các mối quan hệ với môi trường Do đó trước tiên chúng ta tìm hiểu các đặc tính và biểu hiện của sự sống. I. Sự đa dạng và thống nhất của sự sống 1. Sự đa dạng Quanh ta có rất nhiều sinh vật : cây cỏ, tôm, cá, ếch nhái, rắn, chim thú và các vi sinh vật. Có khoảng hơn hai triệu loài sinh vật trên trái đất mà con người chỉ là một trong số đó. - Mỗi loài sinh vật có những đặc tính riêng của nó về bên ngoài, bên trong và các biểu hiện sống đặc thù. Như hình dáng, kích thước, màu sắc, tuổi thọ các loài khác nhau Ví dụ : vi khuẩn Escherichia coli (E. coli) có kích thước 1-2 micromet và mỗi thế hệ chỉ dài 20 phút, trong khi đó nhiều cây cổ thụ cao trên 50-60m có thể sống nghìn năm. Một nét đặc thù nữa của thế giới sinh vật là sự sống được biểu hiện ở nhiều mức độ tổ chức từ thấp đến cao nhất (từ phân tử cho đến toàn bộ sinh quyển trên hành tinh chúng ta). Có thể kể các mức tổ chức chủ yếu như sau: • Các đại phân tử sinh học, • Tế bào - đơn vị cơ sở của sự sống, • Cá thể - đơn vị của sự tồn tại độc lập của một sinh vật, • Quần thể - đơn vị cơ sở của tiến hoá, gồm nhiều cá thể của một loài, • Loài - đơn vị căn bản của tiến hoá và phân loại, • Quần xã - sự cùng tồn tại của nhiều loài sinh vật với nhau trên một vùng nhất định, • Hệ sinh môi (ecosystems) - đơn vị căn bản của sinh môi, • Sinh quyển - sự sống trên hành tinh chúng ta. Trong mỗi mức tổ chức còn có thể chia nhỏ như cơ thể gồm các mô, các cơ quan và các hệ cơ quan. Các thành phần của mỗi mức tổ chức liên quan với nhau thành một khối thống nhất kể cả sinh quyển. Sự đa dạng các loài là kết quả của quá trình tiến hoá lâu dài. 2. Sự thống nhất Sự thống nhất của sự sống chỉ được biết qua các phân tích khoa học. Sự thống nhất biểu hiện ở hệ thống phân loại và sự giống nhau ở các cấu trúc và cơ chế vi mô. Dựa vào những đặc điểm hình thái giống nhau có thể xếp các sinh vật vào những nhóm nhất định gọi là nhóm phân loại. Nhóm phân loại lớn nhất được gọi là giới - giới động vật- giới thực vật, ngày nay còn có thêm giới nấm. Mỗi giới được chia nhỏ dần : giới → giới phụ → lớp → bộ → họ → giống → loài.
3. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 2 Tất cả các loài sinh vật đều có thể xếp theo hệ thống phân loại này. Đây là bằng chứng về sự tiến hóa của sinh giới từ tổ tiên chung ban đầu - tiến hóa từ thấp lên cao. Sự thống nhất thể hiện ở những thành phần cấu tạo nên mỗi cơ thể. Thành phần hóa học của các sinh vật giống nhau từ những nguyên tố tham gia chất sống đến bốn nhóm chất hữu cơ: glucid, lipid, protein và acid nucleic. Tất cả các sinh vật đều có cấu tạo tế bào. Tế bào có biểu hiện đầy đủ các tính chất đặc trưng của sự sống - nó là đơn vị cơ sở của sự sống. II. Các tính chất đặc trưng cho sự sống Sự sống là một dạng hoạt động vật chất phức tạp hơn nhiều và cao hơn hẳn so với quá trình vật lý và hóa học trong tự nhiên. Nó có những tính chất đặc trưng giống nhau ở mọi loài. 1. Vật chất: cấu trúc phức tạp và tổ chức tinh vi Các sinh vật cũng được tạo nên từ những nguyên tố vốn có trong tự nhiên, nhưng cấu trúc bên trong rất phức tạp và chứa vô số các hợp chất hóa học rất đa dạng. Ví dụ : Vi khuẩn Escherichia coli (E-coli) - sinh vật đơn bào với kích thước (1-2 micromet, nặng 2.10-6 mg chứa khoảng 40 tỉ phân tử nước, 5000 loại các hợp chất hữu cơ khác nhau, có khoảng 3000 loại protein. Nếu tính ở người thì số loại protein khác nhau không phải là 3000 mà là 5 triệu loại khác nhau mà không có loại nào giống của E. coli mặc dù có một số hoạt động giống nhau. Thậm chí giữa hai người khác nhau protein cũng không giống nhau nên dễ xảy ra hiện tượng không dung hợp khi lấy mô của người này ghép cho người khác. Mỗi sinh vật có bộ protein và acid nucleic riêng biệt cho mình. Các chất phức tạp trong cơ thể sống hình thành nên các cấu trúc tinh vi thực hiện một số chức năng nhất định. Không những các cấu trúc như màng, nhân tế bào mà cả từng loại đại phân tử cũng có vai trò nhất định. Ví dụ bệnh thiếu máu hồng cầu liềm được gọi là "bệnh phân tử". 2. Năng lượng: Sự chuyển hóa phức tạp Đặc điểm của sự sống là thu nhận năng lượng từ môi trường bên ngoài và biến đổi nó để xây dựng và duy trì tổ chức phức tạp đặc trưng cho sự sống. Một số các sinh vật lấy những chất đơn giản nhất như CO2, N2, H2O làm nguyên liệu và ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng. Năng lượng tử của ánh sáng được chuyển thành năng lượng hóa học trong các chất hữu cơ của cây xanh, từ đó lưu chuyển sang các sinh vật khác. Sự chuyển hoá vật chất và năng lượng trong tế bào diễn ra phức tạp, nhiều phản ứng xảy ra đồng thời, nhanh nhạy, chính xác, hiệu quả cao và được điều hoà hợp lý. Vật chất vô sinh không có khả năng sử dụng năng lượng bên ngoài để duy trì cấu trúc bản thân nó như các sinh vật. Ngược lại vật chất vô sinh khi hấp thụ năng lượng bên ngoài như ánh sáng, nhiệt nó chuyển sang trạng thái hỗn loạn hơn và ngay sau đó tỏa ra xung quanh. Tóm lại tế bào là một hệ thống hở không cân bằng, nó lấy năng lượng từ bên ngoài vào, sử dụng vật chất và năng lượng với hiệu quả cao hơn hẳn so với phần lớn máy móc mà con người chế tạo ra. Về mặt năng lượng, tế bào cũng tuân theo quy luật nhiệt động học II: nó thu nhận vật chất và năng lượng để duy trì tổ chức cao của nó.
4. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 3 3. Thông tin: ổn định, chính xác và liên tục Chứa và truyền đạt thông tin là tính chất tuyệt diệu nhất của thế giới sinh vật, đạt mức phát triển cao hơn hẳn ở giới vô sinh. không có ở các chất vô sinh nếu thiếu sự chế tạo của con người, nó liên quan đến các quá trình sống chủ yếu như sinh sản, phát triển, tiến hóa và các phản ứng thích nghi. Thông tin được hiểu là khả năng của sinh vật cảm nhận trạng thái bên trong của hệ thống và những tác động lên nó từ môi trường ngoài, bảo tồn, xử lý và truyền đạt. Cấu trúc của thông tin xác định trạng thái nội tại của hệ thống. Trong các tế bào sống thông tin có hai dạng chủ yếu: thông tin di truyền và thông tin thích nghi. - Thông tin di truyền: Nhờ có thông tin, tế bào có khả năng tự sinh sản tạo ra thế hệ con giống hệt cha mẹ. Sự sinh sản gắn liền với tính di truyền được biểu hiện rõ qua nhiều thế hệ. Thế hệ trước truyền cho thế hệ sau không phải các tính trạng mà truyền chương trình phát triển của mỗi loài sinh vật được gọi là thông tin di truyền. Thông tin di truyền được mã hóa dưới dạng trình tự thẳng của 4 loại nucleotid rồi hiện thực hóa ra dạng cấu trúc các phân tử protein và các cấu trúc tế bào. Thông tin di truyền được hiện thực hoá ở thế hệ sau trong quá trình phát triển cá thể. Mỗi sinh vật trong quá trình lớn lên đều lặp lại chính xác các giai đoạn phát triển như của cha mẹ. Bộ máy di truyền chi phối mọi biểu hiện sống: tái tạo các cấu trúc tinh vi, điều hoà việc thực hiện hàng loạt chuỗi phản ứng hoá học phức tạp giúp cơ thể phản ứng và thích nghi với môi trường. Thông tin di truyền được truyền đạt cho nhiều thế hệ nối tiếp với sự ổn định cao nhờ các cơ chế sao chép chính xác và phân chia đều cho các tế bào con. Cá thể sinh vật đến lúc nào đó sẽ chết, nhưng thông tin không chết, lại được truyền cho thế hệ sau và có thể biến đổi tiến hoá. Nhờ sự nối tiếp di truyền mà sự sống từ khi xuất hiện cho đến nay là một dòng liên tục và tất cả các sinh vật trên quả đất đều có quan hệ họ hàng với nhau, bắt nguồn từ tổ tiên chung ban đầu. - Thông tin thích nghi Thông tin thích nghi lúc đầu xuất hiện ở đời sống cá thể, tạo ưu thế trong đấu tranh sinh tồn nên được chọn lọc tự nhiên giữ lại và ghi thêm vào thông tin di truyền của sinh vật, nó cũng chịu sự chi phối của bộ gen và được lưu truyền. Ví dụ : Ánh sáng ở đom đóm, các chất dẫn dụ của côn trùng, âm thanh của chim kêu thực vât cũng có thông tin thích nghi nhưng chậm hơn: rể phát triển mạnh phía có nhiều phân, cây nghiêng ra ánh sáng Bộ gen của những sinh vật tiến hoá cao hơn vẫn còn mang nhiều thông tin di truyền của tổ tiên. Điều này thể hiện rõ ở sự lặp lại các giai đoạn của tổ tiên trong sự pháy triển phôi của những sinh vật bậc cao. Tiến hoá thích nghi đã tạo nên sự đa dạng các sinh vật như ngày nay từ một tổ tiên ban đầu. Có lẽ các cơ chế thu nhận thông tin để phản ứng lại với môi trường sống chung quanh là quan trọng nhất trong tiến hoá. Tóm lại, sự sống là một dạng hoạt động vật chất phức tạp trên cơ sở tương tác đồng thời của 3 yếu tố vật chất, năng lượng và thông tin.
5. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 4 III. Các biểu hiện của sự sống Trên cơ sở hoạt động tích hợp của vật chất, năng lượng và thông tin, sự sống có nhiều biểu hiện đặc thù khác hẳn giới vô sinh. 1. Trao đổi chất Để tồn tại các tế bào phải thực hiện liên tục hàng loạt phản ứng hóa học để phân hủy chất dinh dưỡng cung cấp năng lượng và vật liệu cho các quá trình sinh tổng hợp và các quá trình sống khác như tăng trưởng, vận động, sinh sản Toàn bộ các hoạt động hoá học của cơ thể sinh vật được gọi là trao đổi chất (metabolism). Khi sự trao đổi chất dừng thì cơ thể sinh vật sẽ chết. 2. Sự nội cân bằng Quá trình trao đổi chất tuy phức tạp, nhưng được điều hòa hợp lý để duy trì các hoạt động bên trong tế bào ở mức cân bằng và ổn định ở một trạng thái nhất định. Ví dụ, nhiệt độ cơ thể người bình thường luôn được duy trì ở 37oC dù thời tiết có thay đổi. Xu hướng các cơ thể sinh vật tự duy trì môi trường bên trong ổn định gọi là sự nội cân bằng (homeostasis) và được thực hiện do các cơ chế nội cân bằng. Sinh vật ở mức phát triển càng cao, các cơ chế điều hoà càng phức tạp. 3. Sự tăng trưởng (growth) Sự tăng trưởng (growth) là sự tăng khối lượng chất sống của mỗi cơ thể sinh vật. Nó bao gồm sự tăng kích thước của từng tế bào và tăng số lượng tế bào tạo nên cơ thể. Sự tăng trưởng của tế bào khác nhiều về căn bản so với sự lớn lên của tinh thể trong dung dịch muối. Khi tăng trưởng diễn ra, từng phần của tế bào hay cơ thể vẫn hoạt động bình thường. Một số sinh vật như phần lớn thực vật có thời gian tăng trưởng kéo dài rất lâu như các cây cổ thụ nghìn năm. Hầu hết động vật có giới hạn tăng trưởng nhất định, kích thước đạt tối đa lúc sinh vật trưởng thành. 4. Sự vận động Sự vận động dễ thấy ở các động vật như các động tác leo, trèo, đi lại Sự vận động ở thực vật chậm và khó nhận thấy như dòng chất trong tế bào lá. Các vi sinh vật vận động nhờ các lông nhỏ hay giả túc như ở amip. 5. Sự đáp lại Là sự đáp lại các kích thích khác nhau từ môi trường bên ngoài. Các động vật có những phản ứng nhất định như thay đổi màu sắc, nhiệt độ, tập tính sống Con mắt người là một cơ quan rất tinh vi thu nhận nhanh nhạy, chính xác các kích thích ánh sáng truyền cho hệ thần kinh để có phản ứng đáp lại Các thực vật cũng có nhiều phản ứng tuy chậm và khó nhận thấy hơn như cây xanh mọc hướng về ánh sáng, cây mắc cỡ rũ lá khibị chạm, cây bắt ruồi đậy nắp lại khi con vật đã chui vào 6. Sự sinh sản Biểu hiện này của sự sống dễ nhận thấy ở tất cả các loài sinh vật. "Sinh vật sinh ra sinh vật" và "tế bào sinh ra tế bào". Các sinh vật nhỏ bé như các vi khuẩn lại có tốc độ sinh sản nhanh. Có hai kiểu sinh sản : vô tính và hữu tính. Sự sinh sản hữu tính ra đời muộn hơn, nhưng nó tạo nên sự đa dạng lớn làm tăng nhanh tốc độ tiến hoá của sinh giới.
6. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 5 7. Sự thích nghi Là khả năng cơ thể thích ứng với môi trường sống- nhằm giúp các sinh vật tồn tại trong thế giới vật chất luôn biến động- nó làm tăng khả năng sống còn của các sinh vật trong môi trường đặc biệt. Các cơ thể thích nghi là kết quả của quá trình tiến hóa lâu dài. IV. Các bộ môn sinh học Sinh học nghiên cứu vô số các dạng sinh vật trên nhiều khía cạnh khác nhau như cấu trúc, chức năng, sự phát triển cá thể, sự tiến hoá và mối quan hệ với môi trường và ở các mức độ tổ chức khác nhau như mức phân tử, tế bào, cơ thể, loài và trên loài Nó là một khoa học rất rộng lớn nên khó có nhà khoa học nào biết được đầy đủ mọi khía cạnh của nó, phần lớn các nhà sinh học là chuyên gia của một lĩnh vực nào đó được gọi là bộ môn của sinh học. Mỗi bộ môn chuyên sâu ở những lĩnh vực nhất định và chúng không ít chỗ trùng lặp. Sau đây là một số bộ môn chủ yếu • Thực vật học (Botany): nghiên cứu thế giới thực vật. • Động vật học (Zoology): nghiên cứu thế giới động vật. • Hệ thống học (Systematics): sắp xếp hệ thống các dạng sinh vật trong mối quan hệ họ hàng. • Sinh lý học (Physiology): nghiên cứu các hoạt động chức năng của cơ thể. • Sinh học phát triển (Developmental biology): nghiên cứu sự phát triển cá thể từ phôi đến trưởng thành. • Tế bào học (Cytology): nghiên cứu cấu tạo, thành phần và chức năng của tế bào. • Mô học (Histology): nghiên cứu các mô • Giải phẩu học (Anatomy): nghiên cứu cấu trúc bên trong cơ thể. • Di truyền học ( Genetics): nghiên cứu tính di truyền và biến dị • Sinh hóa học (Biochemistry): nghiên cứu các quá trình sinh hoá • Lý sinh học (Biophysics): nghiên cứu các quá trình vật lý trong cơ thể sống • Sinh thái học ( Ecology ): nghiên cứu quan hệ giữa sinh vật và môi trường • Vi sinh học (Microbiology)nghiên cứu thế giới vi sinh vật Mỗi môn học lại có thể chia nhỏ ra. Ví dụ động vật học có thể nghiên cứu động vật có xương và động vật không xương. Động vật có xương có thể chia ra như ngư học (nghiên cứu về cá) hay điểu học (nghiên cứu về chim) Do sự phát triển mạnh của sinh học nhiều lĩnh vực mới được hình thành như sinh học phân tử (molecular biology), enzyme học (enzymeology) Vậy “sinh học là một tổ hợp các môn khoa học nghiên cứu từ những khía cạnh khác nhau ở những mức độ khác nhau toàn bộ tính đa dạng của sự sống”. V. Các ứng dụng thực tiễn
7. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 6 Các kiến thức sinh học có nhiều ứng dụng trực tiếp và gían tiếp cho con người. Thế giới sinh vật cung cấp phần lớn những nhu cầu căn bản- tạo môi trường sống cho con người cho nên sinh học có nhiều ứng dụng thực tiễn: 1. Trực tiếp đối với con người - Y học là lĩnh vực ứng dụng nhiều nhất các kiến thức sinh học trực tiếp cho con người. Các kiến thức sinh học giúp con người biết giữ gìn vệ sinh phòng ngừa bệnh tật. Nhiều phát minh lớn trong sinh học tạo nên những cuộc cách mạng trong y học như: tìm ra vaccine, tìm ra cơ chế gây viêm nhiễm của các vi sinh vật giúp ngăn ngừa nhiều bệnh dịch hiểm nghèo. Phần lớn các thuốc chữa trị có nguồn gốc sinh vật như các dược thảo, các chất chiết xuất tách từ các cơ thể sinh vật, các thuốc kháng sinh - Kiến thức sinh học cũng rất cần cho giáo dục. Việc hiểu biết tâm sinh lý của từng lứa tuổi, các nghiên cứu về cơ chế của trí nhớ và tìm ra các gen, các chất làm tăng trí nhớ hứa hẹn sự tiến bộ vượt bậc của xã hội loài người. - Cơ sở sinh học của các hoạt động xã hội là vấn đề quan trọng. Luật hôn nhân gia đình quy định cấm kết hôn giữa những người có họ hàng trực hệ 3 đời, dựa trên cơ sở giao phối cận huyết dễ sinh các bệnh di truyền. Nhiều ngành văn nghệ, thể thao cần năng khiếu mới đạt kết quả cao 2. Các ngành sản xuất có đối tượng là sinh vật Các kiến thức sinh học là cơ sở khoa học mà từ đó xây dựng nên các biện pháp hữu hiệu làm cho sinh vật tạo ra nhiều sản phẩm hơn. Xã hội loài người đã phát triển các ngành sản xuất như nông, lâm, ngư nghiệp và công nghiệp vi sinh để thoả mãn nhu cầu ngày càng cao và theo kịp đà tăng dân số. 3. Một vài ứng dụng trong công nghệ sinh học Kỹ thuật di truyền ra đời tạo sự bùng nổ của công nghệ sinh học mới mở ra triển vọng vô cùng to lớn để hiểu biết và cải tạo thế giới sinh vật: - Thu nhận các chất quý bằng nuôi cấy tế bào - Giải mã bộ gen người - Thụ tinh trong ống nghiệm - Điều trị bằng liệu pháp gen
8. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 7 Chương I. CƠ SỞ HÓA HỌC CỦA SỰ SỐNG I. Các nguyên tố và liên kết hóa học 1. Các nguyên tố trong cơ thể sống Tế bào cũng được cấu tạo từ các nguyên tố vốn có trong tự nhiên. Tuy nhiên trong 92 nguyên tố có trong tự nhiên thì chỉ có 22 nguyên tố có trong các sinh vật. Các nguyên tố được chia thành 3 nhóm dựa theo vai trò tham gia vào chất sống, tạo các chất hữu cơ, các ion hay chỉ có dấu vết. Trong đó - Các nguyên tố tham gia cấu tạo chất hữu cơ như :N, O, C, H, P, S. - Các ion : K+, Na+, Mg++, Ca++, Cl- - Các nguyên tố chỉ có dấu vết: Fe, Mn, Co, Cu, Zn, B, V, Al, Mo, I, Si Trong cơ thể sinh vật C, H, O, N chiếm tới hơn 96% thành phần của tế bào. Các nguyên tố khác có vết ít được gọi là vi lượng hay vi tố. Vai trò chủ yếu của các nguyên tố trong cơ thể người: - Oxygen (O) chiếm khoảng 65%, tham gia cấu tạo hầu hết các chất hữu cơ, phân tử nước và tham gia vào quá trình hô hấp. - Carbon (C) chiếm khoảng 18%, có thể tạo liên kết với 4 nguyên tử khác, tạo khung chất hữu cơ. - Hydrogen (H) chiếm khoảng 10%, là thành phần của nước và hầu hết các chất hữu cơ. - Nitrogen (N) có khoảng 3%, tham gia cấu tạo các protein, acid nucleic. - Calcium (Ca) có khoảng 1,5% là thành phần của xương và răng, có vai trò quan trọng trong co cơ, dẫn truyền xung thần kinh và đông máu. - Phosphor (P) có khoảng 1%, giữ vai trò quan trọng trong chuyển hoá năng lượng, thành phần của acid nucleic - Kalium (K) (Potassium), có khoảng 0,4% là cation (ion+) chủ yếu trong tế bào, giữ vai trò quan trọng cho hoạt động thần kinh và co cơ. - Sulfua (S) có khoảng 0,3%, có mặt trong thành phần của phần lớn protein. - Natrium (Na) (Sodium), có khoảng 0,2% là cation chủ yếu trong dịch của mô, giữ vai trò quan trọng trong cân bằng chất dịch, trong dẫn truyền xung thần kinh. - Magnesium (Mg) khoảng 0,1% là thành phần của nhiều hệ enzyme quan trọng, cần thiết cho máu và các mô. - Chlor (Cl) khoảng 0,1%, là anion (ion-) chủ yếu của dịch cơ thể, có vai trò trong cân bằng nội dịch - Sắt (Fe) (Ferrum) chỉ có dấu vết, là thành phần của hemoglobin, myoglobin và một số enzyme. - Iod (I) - dấu vết là thành phần của hormone tuyến giáp
9. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 8 2. Các liên kết hóa học Các tính chất hóa học của một nguyên tố trước tiên được xác định bởi số lượng và sự sắp xếp của các điện tử lớp năng lượng ngoài cùng. Ví dụ : Hydrogen có 1 điện tử lớp ngoài cùng, carbon có 4, nitrogen có 5 và oxygen có 6. Hình 1.1. Mô hình cấu trúc nguyên tử của các nguyên tố H, C, N, O Các nguyên tử kết hợp với nhau một cách chính xác bằng những liên kết hóa học để tạo nên hợp chất. * Liên kết hóa học là lực hút gắn 2 nguyên tử với nhau. Mỗi liên kết chứa một thế năng hóa học nhất định. Phụ thuộc vào số điện tử lớp ngoài cùng, các nguyên tử của một nguyên tố hình thành một số lượng đặc hiệu các liên kết với những nguyên tử của nguyên tố khác. - Có 2 loại liên kết hóa học chủ yếu là liên kết cộng hóa trị và liên kết ion. Trong các hoạt động sống thì liên kết quan trọng là liên kết hydro và các tương tác yếu (như lực hút van der waals vàì tương tác kỵ nước). 2.1. Liên kết cộng hóa trị : Liên kết cộng hóa trị được tạo ra do góp chung điện tử giữa các nguyên tử. Ví dụ : Sự gắn 2 nguyên tử Hydrogen tạo thành phân tử khí Hydrogen. Trong phân tử nước có 2 nguyên tử H nối liên kết cộng hóa trị với 1 nguyên tử O : Liên kết cộng hóa trị đơn khi giữa hai nguyên tử có chung một cặp điện tử, liên kết đôi khi có chung hai cặp điện tử và liên kết ba khi có chung ba cặp điện tử.
10. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 9 Ví dụ : Hai nguyên tử Oxygen liên kết đôi với nhau bằng hai cặp điện tử thành phân tử Oxygen. 2.2. Liên kết ion : Khi nguyên tử nhận thêm hoặc mất điện tử nó trở nên tích điện được gọi là ion. Những nguyên tử có 1, 2, 3 điện tử ở lớp ngoài cùng có xu hướng mất điện tử trở thành các ion mang điện dương (cation). Các nguyên tử có 5 hay 6, 7 điện tử ở lớp ngoài cùng có xu hướng nhận điện tử trở thành ion mang điện âm (anion). Do điện tích khác dấu, các cation và các anion kết hợp với nhau nhờ liên kết ion. Liên kết ion khác với liên kết cộng hóa trị là không góp chung điện tử. Ví dụ : Na+ + Cl- = NaCl (muối ăn) 2.3. Liên kết Hydro và các tương tác yếu khác : - Liên kết Hydro : Liên kết hyđro có xu hướng hình thành giữa nguyên tử có điện âm với nguyên tử Hydrogen gắn với Oxy hay Nitơ. Các liên kết Hydro có thể được tạo giữa các phần của một phân tử hay giữa các phân tử. Các liên kết Hydro yếu hơn liên kết cộng hóa trị 20 lần nhưng giữ vai trò rất quan trọng trong các hoạt động sống. - Lực hút van der waals xảy ra khi các phân tử gần kề nhau do tương tác giữa các đám mây điện tử. - Tương tác kỵ nước xảy ra giữa các nhóm của những phân tử không phân cực. Chúng có xu hướng xếp kề nhau và không tan trong nước như trường hợp các giọt dầu nhỏ tự kết nhau. - Các liên kết Hydro, ion, lực Vanderwals yếu hơn liên kết cộng hóa trị nhiều nhưng chúng xác định tổ chức của các phân tử khác nhau trong tế bào, nhờ chúng các nguyên tử dù đã có liên kết cộng hóa trị trong cùng phân tử vẫn có thể tương tác lẫn nhau. - Các tương tác yếu giữ vai trò quan trọng không những vì chúng xác định vị trí tương đối giữa các phân tử mà còn vì sự định hình những phân tử mềm dẻo như protein và acid nucleic. II. Các chất vô cơ Trong thành phần chất sống, các chất vô cơ chiếm tỉ lệ nhiều hơn các chất hữu cơ. Chúng gồm có nước các acid, base, muối và các chất khí hòa tan. Trong số này nước chiếm tỷ lệ cao nhất và quan trọng nhất cho sự sống. 1. Nước (H2O) Trong bất kỳ cơ thể sinh vật nào nước cũng chiếm phần lớn, cá biệt như con sứa nước chiếm 98%, ở động vật có vú nước chiếm 2/3 trọng lượng cơ thể. Nước là chất vô cơ đơn giản, có số lượng lớn trên hành tinh, nó có những tính chất lý hóa đặc biệt nên chiếm phần lớn chất sống và có lẽ sự sống bắt nguồn từ môi trường nước. Cơ thể sinh vật được sinh ra, phát triển, chết đều ở trong môi trường nước dù là ở dạng này hay dạng khác. Về mặt hoá học phân tử nước có một nguyên tử Oxygen và hai hydrogen. Điện tích chung của phân tử nước trung hòa, nhưng các điện tử phân bố không đối xứng nên làm phân tử nước phân cực. Nhân của nguyên tử Oxygen kéo một phần các điện tử của Hydrogen làm cho vùng nhân trở nên hơi có điện tích âm ở hai góc, còn nhân của các nguyên tử Hydrogen trở nên hơi điện dương. Do sự phân cực, hai phân tử nước ở kề nhau có thể tạo thành liên kết
11. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 10 hydro. Các phân tử nước tập hợp lại thành mạng lưới nhờ các liên kết hydro. Bản chất dịnh vào nhau của các phân tử nước xác định phần lớn các tính chất đặc biệt của nó, như sức căng bề mặt, nhiệt năng cao, hấp thu nhiều nhiệt lượng, ít thay đổi nhiệt Do bản chất phân cực, các phân tử nước tập hợp xung quanh các ion và các phân tử khác phân cực. Các chất tham gia với các liên kết hydro của nước gọi là ưa nước và dễ hoà tan trong nước. Các phân tử không phân cực làm đứt mạng lưới liên kết hydro của nước. Chúng là các phân tử kỵ nước. Các phân tử kỵ nước có thể đẩy các phân tử nước để đứng kề nhau. Lượng nước trong cơ thể nhiều hay ít, tăng hay giảm tùy thuộc vào giai đoạn phát triển và trao đổi chất của sinh vật. Lúc còn non, nước chiếm tỷ lệ cao hơn lúc già. Nước cũng thay đổi trong các cơ quan khác nhau. Ví dụ : Ở chất xám nước chiếm 85% , chất trắng 75%, ở xương 20% và men răng chỉ có 10%. Hình 1.2. Cấu trúc không gian của nước (a,b), liên kết hydro(c), các phân tử nước tạo mạng - Nước có vai trò hết sức quan trọng đối với cơ thể sống : + 95% nước ở dạng tự do có vai trò quan trọng trong quá trình chuyển hóa và trao đổi chất trong tế bào, giữa tế bào và môi trường. Các chất hóa học tan trong nước nhờ nước mà phân phối đều, chúng có cơ hội gặp nhau để rồi phản ứng với nhau. + 5% nước ở dạng liên kết bằng các liên kết khác nhau hay kết hợp với các thành phần khác như protein
12. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 11 Khi nước trong tế bào giảm thấp xuống thì các hoạt động trong tế bào cũng bị giảm. Ví dụ : amip mất nước co lại trong nang. Do vậy người ta dùng phương pháp chống ẩm để ức chế không cho vi khuẩn hoạt động và bảo quản sinh vật. Nước có vai trò trong điều hòa nhiệt độ. Nước có nhiệt dung cao, hấp thu nhiều năng lượng nóng lên chậm, khi tỏa nhiệt cũng chậm làm nhiệt độ thay đổi không đột ngột. Nước làm cho môi trường ôn hòa - động vật và thực vật phát triển tạo môi trường ngoài và trong cho cơ thể. Sức căng bề mặt của nước lớn do vậy nước mao dẫn từ đất lên cây. Hiện tượng này cũng giúp máu lưu thông trong cơ thể động vât. Do tầm quan trọng như vậy nên nước là một nhân tố giới hạn trong sinh môi. Những nơi ít nước như sa mạc thì sự sống nghèo nàn, vùng rừng mưa nhiệt đới, vùng bãi triều của sông, biển là những nơi nhiều nước thì sự sống phong phú hơn. 2. Các chất vô cơ khác Trong cơ thể ngoài nước ra còn có các chất vô cơ khác như acid, base, muối vô cơ và các nguyên tố kim loại. Ở động vật có xương, bộ xương chứa nhiều chất vô cơ nhất (khoảng 1/10 trọng lượng cơ thể, chủ yếu là Ca). Các chất vô cơ thường gặp là NaCl, KCl, NaHCO3, CaCl2, CaCO3, MgSO4, NaH2PO4, các kim loại như I, Zn, Fe, Co, ở dạng vô cơ, có trong chất hữu cơ hay gắn với protein . Chúng có số lượng rất ít, được coi là dấu vết, nhưng giữ vai trò trọng yếu trong nhiều chất hữu cơ như Fe, trong Heme của Hemoglobin trong máu, cobalt trong vitamin B12 Đặc điểm quan trọng của chúng là tính chất điện phân cho ra các cation(+) và các anion(-) từ đó chúng kết hợp với ion H+ và OH- để làm thay đổi pH môi trường. Các cation và anion có thể kết hợp với nhau tạo thành acid, base hay trung tính: + - H + HCO3 → H2CO3 có tính acid + - NH4 + OH → NH4OH có tính base Tuy nồng độ thấp, nhưng muối có vai trò đáng kể trong tế bào và cơ thể. Sự cân bằng các muối giúp cho hoạt động sinh lí xảy ra bình thường. Khi các muối bị giảm bất thường thì gây rối loạn. Ví dụ : Ca trong máu giảm quá mức bình thường gây co giật. Hoạt động tim rối loạn khi nồng độ K+,Na+, Ca+ mất cân bằng. NaCl duy trì áp suất thẩm thấu, giữ nước trong mô, khi muối trong mô tăng, áp suất thẩm thấu tăng do đó mô phải giữ nước để giảm áp suất thẩm thấu. 3. Các khí hòa tan Dịch cơ thể chứa các khí hoà tan: - Khí CO2 chỉ chiếm 0,03% trong không khí. Trong cơ thể sinh vật lượng CO2 có thể nhiều hơn do quá trình oxy hóa chất hữu cơ sinh ra. Ở thực vật khí CO2 được sử dụng để làm nguồn nguyên liệu tổng hợp các chất hữu cơ. - Oxygen có nhiều trong không khí (20-21%) hòa tan khá nhiều trong tế bào, tham gia vào các phản ứng oxy hóa để tạo ra năng lượng cần thiết cho hoạt động của sinh vật.
13. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 12 - Nitrogen có nhiều trong không khí (79%) nhưng là khí trơ, chỉ có một số vi sinh vật có khả năng cố định nitơ trong không khí. Các sinh vật khác sử dụng nitrogen ở dạng hợp chất mà không sử dụng ở dạng khí. III. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ Các chất hữu cơ là những chất đặc trưng của cơ thể sinh vật. Chúng có số lượng rất lớn, rất đa dạng nhưng được tạo nên theo những nguyên tắc chung cho cả thế giới sinh vật. Có thể phân biệt hai loại: các chất hữu cơ phân tử nhỏ và các đại phân tử sinh học. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ gồm các chất như hydrocarbon, carbohydrate (glucide), lipid, các amino acid và các nucleotide cùng các dẫn xuất. Một số trong các chất này là những đơn vị cấu trúc (đơn phân) cho các đại phân tử sinh học. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ được tổng hợp theo nguyên tắc từng phản ứng đơn giản do các enzyme xúc tác. Trọng lượng phân tử của chúng trong khoảng 100 - 1000 và chứa đến 30 nguyên tử C. 1. Các Carbohydrate (glucide) Các nguyên tố tạo thành gồm: C, H và O. Trong công thức của carbohydrate dù cho C bằng mấy thì tỷ lệ H và O luôn là 2:1 như trong phân tử nước. Các phân tử carbohydrate rất khác nhau về kích thước nhưng chẳng khó khăn gì khi phân loại chúng. Có 3 nhóm chính: đường đơn (monosaccharide), đường đôi (disaccharide) và đường phức (polysaccharide). 1.1. Các đường đơn (monosaccharide ) Đó là các glucide đơn giản có công thức chung (CH2O)n, số n dao động từ 3 đến 7. Các đường đơn là các aldehyde hay ketone có thêm 2 nhóm hydroxyl hay nhiều hơn. Đường đơn thường phân loại theo số cacbon có trong chúng. Đơn giản nhất là đường 3 carbon, gọi là triose như glyceraldehyde, dihydroxyacetone. H-C=O CH2OH H-C-OH C=O CH2OH CH2OH Glyceraldehyde Dihydroxyacetone - Đường 5 (pentose): như Ribose và Deoxyribose: C5H10O5; C5H10O4 - Đường 6 (hexose): như glucose, fructose: C6H12O6 H-C=O (Nhóm aldehyt) H H-C-OH H-C-OH HO-C-H C=O (Keton) H-C-OH HO-C-H H-C-OH H-C-OH H-C-OH H-C-OH H H-C-OH H Glucoza Fructoza
14. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 13 Trong mỗi nhóm các nguyên tử kết hợp với nhau có thể theo các cách khác nhau, thường hình thành các cấu trúc hóa học khác nhau dù là số nguyên tử C, H và O vẫn như nhau. Các dạng cấu trúc này được gọi là các đồng phân cấu trúc. Một trong số các kiểu đồng phân có vai trò quan trọng cho hoạt động sống của tế bào đó là Glucose và Fructose. Các nhóm aldehyde hay ketone của một gluxide có thể phản ứng với nhóm hydroxyl. Phản ứng này có thể xảy ra bên trong phân tử gluxide có n > 4 để tạo vòng 5 hay 6 nguyên tử cacbon. Các nguyên tử C trong trường hợp này đánh số thứ tự từ 1, 2, 3, từ các đầu gần nhất với nhóm aldehyde hay ketone. Hình 1.3. Sự tạo vòng của glucose 1.2. Các đường đôi ( disaccharide ) Hai đường đơn có thể gắn với nhau tạo thành đường kép (disaccharide) như saccharose (đường ăn thông dụng - glucoseα 1,2 fructose), maltose (glucoseα 1,4 glucose), lactose (galactoseβ 1,4 glucose), thường có trong cơ thể sinh vật. Hình 1.4. Các đường đơn tạo maltose Hình 1.5. Các đường đơn tạo saccharose Đường maltose được thấy trong ống tiêu hóa của người như sản phẩm đầu tiên của sự tiêu hóa tinh bột, và sau đó được gãy tiếp thành glucose để hấp thụ vào cơ thể và sử dụng cho quá trình hô hấp. Maltose gồm 2 phân tử glucose kết hợp với nhau bởi mối liên kết glycosid. Trong cơ thể sống mối liên kết này hình thành qua một số bước, mỗi bước do 1 enzyme xúc tác.
15. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 14 1.3. Các đường đa (polysaccharide) Là các polymer được cấu tạo từ các đơn vị đường đơn (monomer) chủ yếu là glucose do có phân tử lớn. Các polysaccharide được coi là các đại phân tử sinh học nhưng việc tổng hợp chúng giống với các phân tử nhỏ. Ví dụ: tinh bột bao gồm nhiều trăm đơn vị glucose nối nhau. Tinh bột gồm 10-20% amylose tan trong nước, 80-90% amylopectin không tan trong nước gây tính chất keo cho hồ tinh bột. Tinh bột là chất dự trữ của tế bào thực vật, glycogen là chất dự trữ của tế bào động vật. Nó có cấu trúc phân tử rất giống amylopectin nhưng phân nhánh mau hơn qua khoảng mỗi 8-12 đơn vị glucose (amylopectin - 24-30 đơn vị). Cellulose với số đơn vị glucose là 300-15000, không xoắn cuộn được mà như 1 băng duỗi thẳng tạo vi sợi. Tinh bột Tinh bột Vách tế bào Sợi cellulose trong vách tế bào thực vật Tế bào thực vật Hình 1.6. Các polysaccharide: tinh bột, glycogen và cellulose
16. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 15 1.4. Vai trò của carbohydrate trong sinh vật Là nguồn cung cấp năng lượng chủ yếu của sinh vật, thực vật tổng hợp nên các chất đường đơn, đường đôi và tinh bột. Động vật ăn thực vật rồi chuyển glucide thực vật thành của nó và dự trữ ở dạng glycogen, glycogen khi cần thì biến đổi thành glucose. Glucose là nguồn năng lượng trực tiếp trong tế bào và cơ thể luôn có một lượng glucose ổn định. Ví dụ: Ở động vật có vú là 0,1% trong máu - thiếu hay thừa đều gây rối loạn. Glucose khi bị thủy phân còn làm nguyên liệu để tổng hợp lipide. - Chức năng bảo vệ : cellulose cấu tạo nên vách tế bào thực vật, là hơp chất hưu cơ hiện diện nhiêu nhất trong sinh quyên - nó gồm nhưng phân tử glucose nối với nhau thành mạch thẳng dài. Chitin cấu tạo nên vỏ các loài tiết túc, vỏ tôm. - Các glucide thường gắn với protein hay lipide thành glyco-protein, glycolipide tham gia vào cấu trúc màng tế bào. 2. Các chất lipid Lipid gồm các chất như dầu, mỡ có tính nhờn không tan trong nước, tan trong các dung môi hữu cơ như ether, chlorophorm, benzene, rượu nóng. Giống như carbohydrate. Các lipid được tạo nên từ C, H, O nhưng chúng có thể chứa các nguyên tố khác như P hay N. Chúng khác với carbohydrate ở chỗ chứa O với tỷ lệ ít hơn hẳn. Hai nhóm lipid quan trọng đối với sinh vật là: nhóm có nhân glycerol và nhóm có nhân sterol. Các nhân này kết hợp với các acid béo và các chất khác nhau để tạo thành nhiều loại lipid khác nhau. 2.1.Các acid béo: là các acid hữu cơ có mạch hydrocacbon no như acid palmitic: CH3- (CH2)14-COOH, acid stearic: CH3-(CH2)16-COOH, hoặc có mạch hydrocarbon không no (có nối đôi) như acid oleic: CH3-(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-COOH. Triglycerid
17. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 16 2.2.Glycerid: còn gọi là mỡ trung tính. Do sự kết hợp của một phân tử glycerol với 3 phân tử acid béo (triglycerid). Sáp ong là một loại glycerid. 2.3. Phospholipid: Là những lipid được tạo nên do sự kết hợp của hai nhóm -OH của một phân tử glycerol với 2 phân tử acid béo, còn nhóm OH thứ ba gắn với 1 phân tử H3PO4 . Tiếp theo phosphate lại gắn với các nhóm nhỏ khác phân cực (rượu). Lecitin là một phospholipid rất hay gặp ở thực vật và động vật, nhất là trong lòng đỏ trứng, tế bào thần kinh, hồng cầu. Các phân tử phospholipid có 1 đầu ưa nước và đuôi kỵ nước. Đầu ưa nước phân cực - chứa acid phosphoric. Đuôi kỵ nước không phân cực gồm các chuỗi bên của các acid béo. Các phospholipid và glycolipid tạo nên lớp màng lipid đôi là cơ sở của tất cả màng tế bào. c ướ n Đầu ưa acid béo Đầu ưa nước kỵ nước uôi Đ Đuôi kỵ nước Biểu tượng Hình 1.7. Cấu trúc phospholipid phospholipid 2.4. Các lipid khác: Các steroid và polyisoprenoid được coi là các lipid theo tính không hoà tan trong nước, tan trong dung môi hữu cơ. Cả hai đều gồm các đơn vị nhỏ là isoprene. Steroid là este do sự kết hợp của một phân tử rượu với acid béo. Quan trọng nhất là cholesterol thường gặp trong cấu trúc màng tế bào, testosterol là hormone sinh dục đực Hình 1.8. Cholesterol
18. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 17 2.5.Vai trò của Lipid - Các lipid giữ vai trò quan trọng trong tế bào, là nguồn dự trữ dài hạn của sinh vật như lớp mỡ dưới da, quanh phủ tạng. - Các phospholipid và cholesterol là thành phần chủ yếu của các màng tế bào. - Chống mất nhiệt và cách nhiệt - Lipid còn là thành phần của một số vitamin như vitamin D và là dung môi của nhiều vitamin (A, D, E, K, ) IV. các đại phân tử sinh học 1. Protein Protein chiếm một nửa các hợp chất C có trong cơ thể sống. Mặc dù có chung nhiều nét cơ bản; sự cấu tạo chúng cực kỳ linh hoạt và do đó các protein cá biệt có các chức năng chuyên hóa rất khác nhau. - Protein có chứa các nguyên tố chính: C, H, O, N, S, P là một trong những đại phân tử lớn nhất trong tế bào, thực hiện nhiều chức năng khác nhau như: enzyme, vận chuyển, các tiếp thể, hormone, vận động, bảo vệ, cấu trúc - Các đơn phân của protein là các amino acid. - Trong phân tử protein có hai yếu tố cơ bản để quyết định vai trò của nó trong hoạt động chức năng đó là: + Bản chất của các amino acid trong phân tử protein dựa trên nhóm chuỗi bên của chúng. + Hình dạng của phân tử protein. 1.1. Các amino acid Có 20 loại amino acid khác nhau với công thức tổng quát: H NH2 Cα COOH R Công thưc tông quat cua L-α-amino acid Nguyên tử C trung tâm (gọi là Cα), nối với các nhóm H, -NH2 (nhóm amine mang tính kiềm), -COOH (nhóm carboxyl mang tính acid) và nhóm biến đổi gọi là nhóm -R (gốc bên) khác nhau cho mỗi amino acid. Các nhóm H, NH2 và COOH là phần cố định của tất cả các amino acid. Các amino acid tồn tại chu yếu trong tự nhiên có nhóm amine đứng ơ bên trái truc, đươc goi là amino acid dạng L. Dạng D-amino acid chi tồn tại riêng biệt, vi du trong thành tế bào vi khuân. Ví dụ :
19. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 18 H H NH2 Cα COOH NH2 Cα COOH CH3 CH2OH Alanin Serin - Các amino acid được chia thành 4 nhóm căn cứ vào các gốc R: Phân cực Tích điện Không Phân cực Hình 1.9. Các nhóm amino acid *Các axit amin với nhóm -R phân cực (không tích điện): asparagine, glutamine, serine, threonine, tyrosine, cysteine. Các amino acid với nhóm -R phân cực không mất hoặc lấy thêm điện tử để hình thành ion nhưng cũng làm tăng tính tan trong nước và tạo liên kết hydro giữa các mạch. *Các amino acid với nhóm -R kiềm (tích điện dương): lyzine, arginine, histidine.
20. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 19 *Các amino acid với nhóm -R acid (tích điện âm): aspartic acid, glutamic acid. Các amino acid với nhóm -R acid hoặc kiềm hình thành các ion tích điện âm hoặc dương và ưa nước. Kết quả là các protein chứa chúng dễ tan trong nước. Trong protein viên, các nhóm tích điện này rất quan trọng trong việc hình thành các liên kết giữa các đoạn khác nhau của protein để duy trì ổn định hình dạng của phân tử. *Các amino acid với nhóm -R không phân cực: glycine, alanine, valine, leucine, isoleusine, proline, phenylalanine, methionine, triptophan. Sự có mặt với tỷ lệ lớn các amino acid này làm cho các protein không tan và ít hoạt tính. Chúng thường thấy trong các protein cấu trúc như collagen. Các amino acid có nhóm R không phân cực có xu hướng nằm vào bên trong còn các amino acid kiềm hay acid rất phân cực nên hầu như nằm phía ngoài phân tử protein. 1.2. Các nhóm -NH2 và -COOH Các nhóm này quan trọng vì chúng có khuynh hướng phân ly khi hòa tan trong nước, làm cho các amino acid trở thành các ion lưỡng cực vì mỗi ion đều chứa COO(-) và NH3(+) trái dấu nhau. NH2 H C R (Phân tử không có điện tích) COOH (+) (+) (-) NH3 NH3 ion OH NH2 có dư H C R H C R H C R + H2O ion H+ COOH có dư COO(-) COO(-) dạng cation (pH 7) Hình 1.10. Dạng ion của các phân tử amino acid Các dung dịch các amino acid này có vai trò như là chất đệm giữ cho độ pH luôn luôn ở mức gần bằng 7. Điều này xảy ra được vì các nhóm điện tích hình thành một cách thuận nghịch và có thể không phân ly nữa khi các điều kiện bị biến đổi, chúng sẽ loại trừ H+ và OH- khi có dư. Điều này có vai trò rất quan trọng trong hoạt động trao đổi chất của tế bào, cho hoạt động của protein nhất là hoạt động chính xác của các enzyme. - Nhóm -NH2 và -COOH có vai trò trong sự hình thành các liên kết peptid nối các amino acid với nhau để tạo thành chuỗi mạch. Trong đó nhóm COOH của amino acid này liên kết với nhóm NH2 của amino acid kế tiếp bằng cách cùng nhau loại đi một phân tử nước. Hai amino acid liên kết như vậy gọi là dipeptid, 3 amino acid gọi là tripeptid, nhiều amino acid liên kết thành chuỗi gọi là polypeptid. Trên thực tế có một sự biến đổi vô hạn về thứ tự các amino acid và người ta biết có vô vàn các cấu trúc polypeptid khác nhau. Ví dụ: Sự hình thành dipeptid
21. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 20 H R1 O H R2 O N C C + N C C H H OH H H OH Lấy nước đi ngưng tụ Thủy phân H R1 O R2 O N C C N C C + H2O H H H H OH Nhóm amin dipeptit Nhóm carboxyl tự do “đầu N” tự do “đầu C” Hình 1.11. Sự hình thành dipeptid 2. Cấu trúc các phân tử protein Peptide là môt chuôi nối tiếp nhiêu amino acid (số lương it hơn 30). Với số lương amino acid lớn hơn, chuôi đươc goi là polypeptide. Môi polypeptide có hai đâu tận cung, môt đâu mang nhóm amine tự do, đâu kia mang nhóm carboxyl tự do. Protein đươc dung đê chi đơn vi chức năng, nghia là môt cấu truc phức tạp trong không gian chứ không phải đơn thuân là môt trinh tự amino acid. Chuôi polypeptide có thê uốn thành cấu truc hinh gậy như trong các protein hinh sơi hay cấu truc khối câu như trong các protein dạng câu hay môt cấu truc gồm cả hai dạng trên. Môt protein có thê đươc hinh thành tư nhiêu chuôi polypeptide. Ngươi ta thương phân biệt cấu truc cua phân tử protein thành bốn bậc: 2.1. Cấu trúc bậc 1 Cấu trúc bậc một Là trinh tự săp xếp các gốc amino acid trong chuôi polypeptide. Cấu truc này đươc giư vưng nhơ liên kết peptide (liên kết công hóa tri). Vi môi môt amino acid có gốc khác nhau, các gốc này có nhưng đăc tinh hóa hoc khác nhau, nên môt chuôi polypeptide ơ các thơi điêm khác nhau có nhưng đăc tinh hóa hoc rất khác nhau. Tuy nhiên, vê tông quát thi tất cả các chuôi polypeptide đươc xây dựng môt cách có hệ thống tư các nhóm nguyên tử CO, CH và NH. Sự xây dựng có hệ thống này là cơ sơ đê tạo nên cấu truc bậc hai. Lần đầu tiên năm 1954 F. Sanger người đầu tiên xác định được trình tự sắp xếp của các axit amin trong phân tử insulin. Phân tử insulin gồm hai mạch: mạch A chứa 21 amino acid và mạch B chứa 30 amino acid. Hai mạch nối với nhau bởi hai liên kết disulfua (-S-S-). Công trình này đã đặt cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo và ông được nhận giải thưởng Nobel 1958.
22. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 21 Cấu trúc bậc 1 Cấu trúc bậc 2 NếpNếp gấp gấp β β Chuỗi xoắn α Cấu trúc bậc 3 Cấu trúc bậc 4 Hình 1.12. Các mức độ tổ chức của phân tử protein: cấu trúc bậc 1, 2, 3, và 4 2.2. Cấu trúc bậc 2 Là tương tác không gian giưa các gốc amino acid ơ gân nhau trong chuôi polypeptide. Cấu truc đươc làm bên chu yếu nhơ liên kết hydrogen đươc tạo thành giưa các liên kết peptide ơ kê gân nhau, cách nhau nhưng khoảng xác đinh. Do cấu truc bậc 1 gấp khuc môt cách ngẫu nhiên dưới các điều kiện sinh học vì các gốc R khác nhau tác động với nhau theo nhiều cách khác nhau nên cấu truc bậc 2 xếp thành hai nhóm: xoăn α (α-helix) và lá phiến β. Loại α- helix là sơi ơ dạng xoăn ốc, cuôn xung quanh môt truc, môi vong xoăn có 3,6 gốc amino acid. Trong cấu trúc này có nhiều liên kết hydro với mức năng lượng nhỏ vì vậy nó đảm bảo tính đàn hồi sinh học.
23. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 22 Hình 1.13. Cấu trúc bậc 2 của phân tử protein - Phiến gấp nếp β : Là chuỗi polypeptid được gấp nếp nhiều lần và đưọc ổn định nhờ các liên kết hydro giữa các nguyên tử của các liên kết peptid trong đoạn kế nhau của chuỗi. Trong liên kết này các mạch đã được kéo căng ra - dễ gấp nếp nhưng rất dễ bị đứt khi kéo căng thêm. Cả hai loại cấu trúc này đều tạo nên bởi liên kết hydro giữa các khu vực liên kết peptid của mạch. Nhóm biến đổi R không tham gia vào sự hình thành cấu trúc bậc 2. Cả hai chuỗi có thể cùng có mặt trong phân tử protein. Ví dụ : Chuỗi α và β trong cấu trúc Hb trong hồng cầu. 2.3. Cấu trúc bậc 3 Là tương tác không gian giưa các gốc amino acid ơ xa nhau trong chuôi polypeptide, là dạ ng cu ôn lại tron g không gian cua toàn chuôi polypeptide. Nhiêu chuôi polypeptide trong cơ thê sống tồn tại không phải ơ dạng thăng mà gấp khuc và qua đó mà tạo nên cấu truc không gian ba chiêu. Tuy nhiên, cấu truc này hoàn toàn xác đinh, chu yếu là do trinh tự các amino acid và môi trương. Khi môt chuôi polypeptide tách ra khoi ribosome sau khi tông hơp và đươc thải ra trong tế bào chất như là môi trương tạo hinh thi nó hinh thành nên cấu truc tự nhiên rất nhanh, đăc biệt đối với cấu truc hinh câu, mang lại cho protein nhưng đăc tinh sinh ly quan trong. Có thê do chuyên đông nhiệt cua các chuôi polypeptide mà các nhóm cua các gốc amino acid tiếp xuc với nhau, dẫn đến có thê kết hơp với nhau.
24. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 23 Cấu trúc bậc 3 đặc biệt phụ thuộc vào tính chất của các nhóm R trong mạch polypeptit. Các gốc R phân cực hay ion hóa có khuynh hướng quay ra ngoài (ưa H2O) , các gốc R không phân cực có xu thế vùi vào trong (kỵ nước). Cấu trúc bậc 3 giữ được hằng định, bởi lực hút giữa các gốc phân cực hay ion hóa của nhóm chuỗi bên (R). Lực hút của các gốc trên với các phân tử H2O bao quanh hay giữa các liên kết hóa trị giữa các nhóm bên của chuỗi Trong nhiêu protein hinh câu có chứa các gốc cysteine, sự tạo thành các liên kết disulfite giưa các gốc cysteine ơ xa nhau trong chuôi polypeptide, làm cho chuôi bi cuôn lại đáng kê. Các liên kết khác, như liên kết Val der Waal, liên kết tinh điện, phân cực, ky nước và hydrogen giưa các mạch bên cua các gốc amino acid đêu tham gia làm bên cấu truc bậc 3, như protein hinh câu. Cấu truc hinh câu cua protein đươc goi là cấu truc bậc ba, là cấu truc cua enzyme. 2.4. Cấu trúc bậc 4 Là tương tác không gian giưa các chuôi của các phân tử protein gồm hai hay nhiều chuôi po lypeptide hin h câu . Môi chu ôi polypeptide này đươc goi là môt “tiêu đơn vi”. Sự kết hơp giưa các phân tử này chu yếu là do liên kết hydrogen và ky nước mà không có cầu disulfit hoặc bất kỳ liên kết hóa tri nào giưa các tiêu đơn vi Băng cách này hai phân tử xác đinh có thê kết hơp với nhau tạo thành môt dimer. Hemoglobin là một điển hình của protein có cấu trúc bậc 4, đươc tạo nên tư hai chuôi α với môi chuôi có 141 gốc amino acid và hai chuôi β với môi chuôi là 146 gốc amino acid. Cấu truc cua môt hoăc nhiêu chuôi polypeptide có y nghia quan trong đối với đô hoa tan và chức năng cua chung. Cấu truc protein đươc hiêu là sự săp xếp cua nhưng chuôi riêng le hoăc nhiêu chuôi. Chung phu thuôc nhiêu vào đô pH cua môi trương. Protein và chuôi polypeptide hoà tan tốt khi nhưng nhóm ưa nước hướng ra phia ngoài, nhóm ky nước hướng vào bên trong. Khi môt protein thay đôi cấu truc thi nhưng nhóm ky nước quay ra ngoài, protein mất khả năng hoa tan trong nước, vi du trương hơp kết tua không ơ dạng tinh thê cua protein sưa trong môi trương chua. Lactic acid đươc sản sinh do vi khuân làm giảm pH sưa, làm thay đôi protein sưa. Nhiêu nhóm ky nước đươc hướng ra bên ngoài, protein mất khả năng tan trong nước. Vi vậy, việc thương xuyên duy tri giá tri pH trong tế bào chất rất quan trong, vi chi có như vậy chức năng hoạt đông cua các enzyme trong tế bào chất mới đươc đảm bảo. 3. Phân loại Protein Ptotein thuần Có hai nhóm protein Protein tạp 3.1. Protein thuần : gồm các protein được cấu trúc toàn từ các axit amin.
25. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 24 Ví dụ : Chymotripsine tụy bò 3.2. Protein tạp : gồm protein thuần + nhóm ngoài. Ví dụ : lipoprotein gồm protein gắn với lipid glycoprotein gồm protein gắn với glucid Hb trong hồng cầu người là protein tạp (globin + Hem) Bốn chuỗi polypeptit hợp lại thành globin + Hem là nhóm ngoài. 4. Các tính chất của protein - Tính đặc trưng : đặc trưng bởi thành phần, số lượng, trình tự sắp xếp các axit amin trong phân tử. - Tính đa dạng - Tính ổn định tương đối. (Protein có khả năng biến tính và hồi tính). *Đa số protein bị mất hoạt tính sinh học (bị biến tính) trong các điều kiện nhiệt độ và pH không thuận lợi. Biến tính có thể xảy ra ở nhiệt độ 50-70oC. Nó thường không ảnh hưởng tới các liên kết cộng hóa trị hoặc các cầu disulfit nhưng các liên kết H yếu và điện hóa trị thì bị gãy và như thế mạch polypeptid bị tháo gỡ. Hình dạng phức tạp của protein bị mất đi và không hoạt động được bình thường nữa. *Trong nhiều trường hợp sự biến tính là một quá trình thuận nghịch và các tính chất của protein có thể khôi phục lại khi đưa nó quay trở về các điều kiện bình thường. Quá trình này gọi là sự hồi tính, khi các phân tử protein đã duỗi xoắn lại cuộn trở lại thành cấu hình bình thường của nó. 5. Chức năng của protein Protein có chức năng sinh học rất đa dạng 5.1. Vai trò xúc tác: Các enzyme là nhóm protein lớn nhất, có hàng nghìn enzyme khác nhau. Chúng xúc tác cho môi phản ứng sinh hóa nhất đinh. Môi môt bước trong trao đôi chất đêu đươc xuc tác bơi enzyme. Enzyme có thê làm tăng tốc đô phản ứng lên 1016 lân so với tốc đô phản ứng không xuc tác. Các enzyme tương đồng tư các loài sinh vật khác nhau thi không giống nhau về cấu trúc hóa học. Ví dụ : tripsine của bò khác tripsine của lợn 5.2. Vai trò cấu trúc: Protein là yếu tố cấu trúc cơ bản của tế bào và mô như protein màng, chất nguyên sinh, collagen và elastin- protein chủ yếu của da và mô liên kết; keratin - trong tóc, sừng, móng và lông 5.3. Vai trò vận chuyển: Làm nhiệm vu vận chuyên chất đăc hiệu tư vi tri này sang vi tri khác, vi du vận chuyên O2 tư phôi đến các mô do hemoglobin hoăc vận chuyên acid beo tư mô dự trư đến các cơ quan khác nhơ protein trong máu là serum albumin. Các chất đươc vận chuyên qua màng đươc thực hiện băng các protein đăc hiệu, vi du vận chuyên glucose hoăc các amino acid qua màng.
26. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 25 5.4. Vai trò vận động: Môt số protein đưa lại cho tế bào khả năng vận đông, tế bào phân chia và co cơ. Các protein này có đăc điêm: chung ơ dạng sơi hoăc dạng polymer hóa đê tạo sơi, vi du actin, myosin là protein vận đông cơ. Tubolin là thành phân cơ bản cua thoi vô săc, có vai tro vận động lông, roi. 5.5. Vai trò bảo vệ: Protein bảo vệ có môt vai tro lớn trong sinh hoc miên dich. Đông vật có xương sống có môt cơ chế phức tạp, phát triên cao, với cơ chế này chung ngăn ngưa nhưng tác nhân vi sinh vật gây bệnh (virus, vi khuân, nấm, chất đôc vi khuân). Chức năng này có phân liên quan đến đăc tinh cua chuôi polypeptide. Hệ thống tự vệ toàn bô, sinh hoc miên dich là môt linh vực khoa hoc phát triên đôc lập. Môt protein lạ (virus, vi khuân, nấm) xâm nhập vào máu hoăc vào mô thi cơ chế tự vệ đươc huy đông rất nhanh. Protein lạ đươc goi là kháng nguyên (antigen). Nó có môt vung gồm môt trật tự xác đinh các nguyên tử, với vung này nó kết hơp với tế bào lympho và kich thich tế bào này sản sinh ra kháng thê. Nhưng tế bào lympho tồn tại trong hệ thống miên dich với số lương 109 và có trên bê măt cua nó nhưng vung nhận, nơi mà antigen đươc kết hơp vào. Nhưng vung nhận này rất khác nhau và “phu hơp” môi vung cho môt antigen xác đinh. Nhưng tác nhân khác nhau có nhưng tế bào lympho xác đinh khác nhau với nhưng vung nhận phu hơp. Khi môt antigen kết hơp với tế bào lympho thi nó băt đâu sản sinh kháng thê đăc hiệu đối với tác nhân gây bệnh. Nhưng tế bào lympho khác không đươc kich thich cho việc sản sinh ra kháng thê. Có săn môt số lương lớn các tế bào lympho khác nhau, chung có thê tông hơp đươc rất nhanh nhưng kháng thê khác nhau khi kháng nguyên xuất hiện. Nhưng loại kháng thê khác nhau này là xác đinh, tồn tại với số lương không đếm đươc, có thê môt vài triệu, ơ đây môi môt loại có môt vi tri kết hơp duy nhất đăc trưng. Khả năng lớn không thê tương tương đươc cua hệ thống miên dich đa làm cho protein lạ, protein cua tác nhân gây bệnh trơ thành vô hại. Nhưng kháng thê này đươc goi là globulin miên dich. Chung chiếm khoảng 20% protein tông số trong máu. Môt nhóm protein bảo vệ khác là protein làm đông máu thrombin và fibrinogen, ngăn cản sự mất máu cua cơ thê khi bi thương. 5.6. Vai trò dự trữ: Các protein là nguồn cung cấp các chất cân thiết đươc goi là protein dự trư. Protein là polymer cua các amino acid và nitơ thương là yếu tố hạn chế cho sinh trương, nên cơ thê phải có protein dự trư đê cung cấp đây đu nitơ khi cân. Vi du, ovalbumin là protein dự trư trong long trăng trứng cung cấp đu nitơ cho phôi phát triên. Casein là protein sưa cung cấp nitơ cho đông vật có vu con non. Hạt ơ thực vật bậc cao cung chứa môt lương protein dự trư lớn (khoảng 60%), cung cấp đu nitơ cho quá trinh hạt nảy mâm. Hạt đậu (Phaseolus vulgaris) chứa môt protein dự trư có tên là phaseolin. Protein cung có thê dự trư các chất khác ngoài thành phân amino acid (N, C, H, O, và S), vi du ferritin là protein tim thấy trong mô đông vật kết hơp với Fe. Môt phân tử ferritin (460 kDa) găn với 4.500 nguyên tử Fe (chiếm 35% trong lương). Protein có vai tro là giư lại kim loại Fe cân thiết cho sự tông hơp nhưng protein chứa Fe quan trong như hemoglobin 5.7. Các chất có hoạt tính sinh học cao: Môt số protein không thực hiện bất ky sự biến đôi hóa hoc nào, tuy nhiên nó điêu khiên các protein khác thực hiện chức năng sinh hoc, điêu hoa hoạt đông trao đôi chất. Vi du insulin điêu khiên nồng đô đương glucose trong máu. Đó là môt protein nho (5,7 kDa), gồm hai chuôi polypeptide nối với nhau băng các liên kết disulfite. Khi không đu insulin thi sự tiếp
27. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 26 nhận đương trong tế bào bi hạn chế. Vi vậy mức đương trong máu tăng và dẫn đến sự thải đương mạnh me qua nước tiêu (bệnh tiêu đương). Môt nhóm protein khác tham gia vào sự điêu khiên biêu hiện gen. Nhưng protein này có đăc tinh là găn vào nhưng trinh tự DNA hoăc đê hoạt hóa hoăc ức chế sự phiên ma thông tin di truyên sang mRNA, vi du chất ức chế (repressor) đinh chi sự phiên ma. V. Các chất xúc tác sinh học Các chất xúc tác sinh học bao gồm các enzyme, vitamine, hormone. Chúng là những yếu tố vi lượng nhưng rất cần thiết, chúng hoạt động mạnh trong điều kiện nhẹ nhàng của cơ thể. (về to, pH, ). Enzyme có nhiệm vụ xúc tác cho các phản ứng sinh học. Nhiều vitamine tham gia vào cấu tạo của enzyme nên cũng tham gia vào các hoạt động của enzyme. Các hormone có tác dụng điều hòa chuyển hóa thông qua hoạt động của nó đối với enzyme. Ba loại chất này có liên quan mật thiết với nhau. 1. Các cơ chế cơ bản của hoạt động enzyme 1.1. Định nghĩa enzyme : Enzyme là các chất xúc tác sinh học có bản chất là protein. Chúng xúc tác các phản ứng với tính đặc hiệu và hiệu quả cao. Chúng là động lực của các phản ứng sinh học; là công cụ phân tử hiện thực hóa thông tin di truyền chứa trên DNA. 1.2. Cấu trúc cơ bản của enzyme Tất cả các enzyme đều là các protein viên (hình cầu). Nói chung cũng như protein, enzyme có cấu trúc rất phức tạp. Mỗi enzyme đều có 1 trung tâm hoạt động. Trung tâm được mô tả như một khe mà phân tử cơ chất có thể lấp vào. Một số amino acid có nhóm R tham gia cấu tạo nên trung tâm hoạt động. Các amino acid tham gia vào trung tâm hoạt động không xếp kề nhau trong mạch polypeptid. Điều này chứng tỏ rằng sự cuộn lại phức tạp trong không gian của phân tử protein để hình thành cấu trúc bậc 3 đã kéo các amino acid từ các điểm khác nhau của mạch polypeptid đến gần nhau về mặt không gian để hình thành trung tâm hoạt động của enzyme thường gồm các amino acid không kề nhau - đó là điều bình thường. 1.3. Phương thức hoạt động của enzyme Mỗi enzyme có một cấu hình lập thể xác định và nó ăn khớp với các phần tử phản ứng hay các cơ chất. Đầu tiên là sự hình thành phức hợp enzyme - cơ chất. Mỗi phân tử enzyme có một trung tâm hoạt động, trong quá trình chuyển động của enzyme và cơ chất, khi chúng va chạm đúng hướng với nhau thì cơ chất được bám tạm thời vào vị trí trung tâm hoạt động. Enzyme và cơ chất tương tác với nhau để phản ứng xảy ra trong cơ chất, tạo ra các sản phẩm thích hợp rồi chúng rời ra khỏi trung tâm hoạt động của enzyme - từ đó enzyme được tự do để tiếp tục liên kết với cơ chất mới. Cơ chế hoạt động này được mô tả như "khóa" và "chìa". Tuy nhiên chỉ mang tính chất tương đối vì cả hai bên đều không cố định mà chúng tương tác với nhau để có sự thay đổi cả hai bên “phù hợp do cảm ứng” tạo điều kiện cho phản ứng xảy ra nhanh hơn. Khi phản ứng thực hiện xong thì enzyme trở lại cấu trúc như cũ. Enzyme thường hoạt động một cách đặc hiệu, một enzyme thường chỉ xúc tác cho một phản ứng nhất định với một cơ chất nhất định. Ví dụ : Lactase thủy phân lactose
28. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 27 Amylase thủy phân tinh bột Người ta phân ra hai loại enzyme - theo tính chất tương đối : . Enzyme có bản chất protein thuần- chúng đều là các enzyme thủy phân. . Enzyme có bản chất protein tạp- trong đó có hai loại: enzyme có nhóm ngoại gắn chặt (cytocrom) và enzyme có nhóm ngoại dễ tách (như coenzyme). 2. Các tác nhân ảnh hưởng tới các phản ứng do enzyme kiểm soát 2.1. Nhiệt độ Khi nhiệt độ tăng, tăng năng lượng động học ( tần số va chạm phát triển ( tần số phức hợp enzyme - cơ chất phát triển trên một đơn vị thời gian do đó tốc độ phản ứng tăng và tăng sản phẩm. Với nhiều loại phản ứng, kể cả phản ứng xúc tác vô cơ, sự tăng này có thể tiếp diễn vô hạn. Tuy nhiên trong phản ứng do enzyme kiểm soát nhiệt độ tối ưu nhanh chóng đạt đến tương ứng với tốc độ cực đại của phản ứng. Cao hơn nhiệt độ tối ưu ( tốc độ phản ứng giảm nhanh vì nhiệt độ cao đã làm enzyme (protein) bị biến tính. Trung tâm hoạt động mất đi cấu hình chuẩn và không còn phù hợp được với cơ chất > làm mất vai trò xúc tác. Nếu nhiệt độ thấp > tốc độ phản ứng chậm. Cá biệt có những enzyme chịu được nhiệt độ cao như amylase trong công nghiệp dệt chịu được nhiệt độ hơn 100oC. Loài cá băng ở Nam cực có enzyme hoạt động hiệu quả ở -2oC. 2.2. pH Đa số enzyme thích hợp pH tối ưu bằng 7 - đó cũng là pH bình thường bên trong tế bào. Các enzyme hoạt động bên ngoài tế bào thường đòi hỏi nhiều pH khác nhau. Ví dụ: pepsin hoạt động tốt trong điều kiện pH = 2. Còn Tripsin (cũng thủy giải protein) hoạt động tốt ở pH = 7-8,5. Sự lệch pH tối ưu sẽ ảnh hưởng tới hoạt tính của enzyme theo hai cách trái ngược nhau. - Trường hợp các vị trí hoặc liên kết trong trung tâm hoạt động có dạng các ion tích điện - một số giá trị pH là ức chế vì nó làm tái kết hợp các ion này - các nhóm không tích điện tạo nên sẽ không tương tác được với cơ chất. - Khả năng thứ hai: là enzyme bị biến tính - nhất là các giá trị pH cực trị - nó làm yếu hay đứt các liên kết yếu giữa các bộ phận của enzyme. Ngoài ra có thể tạo ra một số liên kết khác mà trước đây không có trong phân tử. 2.3. Nồng độ cơ chất và nồng độ enzyme Tốc độ đa số các phản ứng do enzyme kiểm soát bị thay đổi theo nồng độ cơ chất - nhưng chỉ khi nồng độ cơ chất còn tương đối thấp. Khi nồng độ cơ chất tăng nhiều thì tốc độ phản ứng trở nên ít phụ thuộc vào nồng độ cơ chất mà lại tùy thuộc vào số lượng enzyme có mặt. Khi nồng độ cơ chất thấp, nhiều phân tử enzyme có trung tâm hoạt động tự do và sự cung cấp hạn chế cơ chất sẽ xác định tốc độ phản ứng. Ngược lại nồng độ cơ chất cao, hầu hết các trung tâm hoạt động bị chiếm lĩnh do đó lúc này số lượng phân tử enzyme lại là yếu tố quyết định phản ứng.
29. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 28 Trong hoạt động trao đổi chất của tế bào mối tương quan này có tầm quan trọng như những phương thức kiểm soát tốc độ phản ứng khác nhau. Đối với một số phản ứng nồng độ cơ chất bình thường vẫn là nhân tố quan trọng, nhưng ở số khác nồng độ enzyme lại có tính quyết định. 3. Các chất ức chế enzyme 3.1. Các chất ức chế cạnh tranh Các chất này có cấu tạo hóa học và hình dạng khá giống với cơ chất. khi chúng cùng có mặt với cơ chất sẽ cạnh tranh với cơ chất trung tâm hoạt động (làm cho hoạt động xúc tác của enzyme bị kìm hãm. Succinidehydrogenase Ví dụ: axit Succinic > axit fumaric. Axit malonic tác động như chất ức chế cạnh tranh bằng cách chiếm lĩnh trung tâm hoạt động giống như axit succinic. Axit malonic không bị biến đổi trong khi đó phức hợp enzyme - chất ức chế lại bền vững hơn enzyme - cơ chất > hiện tượng này có thể khắc phục bằng cách giảm nồng độ chất ức chế. 3.2. Các chất ức chế không cạnh tranh Chúng không kết hợp với trung tâm hoạt động của enzyme và không chịu ảnh huởng của nồng độ cơ chất. Phổ biến là các ion kim loại nặng (Hg2+, Ag 2+). Chúng kết hợp với phân tử enzyme ở một khu vực thứ nhất làm biến đổi hình dạng và tính chất ở khu vực thứ hai (trung tâm hoạt động) của enzyme do vậy enzyme không thể tương tác được với cơ chất. Muối assen và cyanid tác động theo cách như thế. Ngoài ra một số chất cạnh tranh có vai trò như chất hoạt hóa trong sự điều chỉnh hoạt động enzyme. 3.3. Các cofactor enzyme Nhiều enzyme không thể hoạt động chính xác khi thiếu một chất nhỏ Cơ chất hơn không phải protein gọi là cofactor. Cofactor thường hoạt động như cái “cầu” giữa enzyme và cơ chất, nó thường tham gia trực tiếp vào phản ứng hóa học của quá trình xúc tác. Đôi khi cofactor cung cấp cho nguồn năng lượng hóa học thúc đẩy phản ứng mà nếu không có thì phản ứng khó hay không thể xảy ra. Một số enzyme cần các ion kim loại là cofactor (như Mg2+, Fe2+ và một số ion của các nguyên tố như Zn2+, Cu2+). Cofactor cũng có thể là các phân tử hữu cơ nhỏ các chất này được gọi là coenzyme thường có quan hệ mật thiết với vitamine. (Coenzyme là những enzyme cá biệt). 4. Sự điều chỉnh hoạt tính enzyme Một số enzyme có khả năng phá hoại nếu nó trở nên có hoạt tính không đúngchỗ do đó cần có các túi bao gói chúng lại.
30. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 29 Pepsin là một loại enzyme tiêu hóa protein rất mạnh, có thể phá vỡ cấu trúc nội bào > Các tế bào dạ dày đã sản xuất pepsin dưới dạng pepsinogen - chất này chỉ có hoạt tính khi rơi vào nơi pH axit mạnh. Các tế bào lót xoang dạ dày được bảo vệ khỏi axit và enzyme bằng một lớp nhầy và do đó sự tiêu hóa thức ăn xảy ra an toàn. Hệ thống enzyme trong lysosom cũng tương tự. Đa số các enzyme không bơi tự do trong tế bào chất mà chúng thường bám vào hệ thống màng bên trong tế bào theo một sự phân bố đặc hiệu và có trật tự (như các enzyme trong ty thể, lục lạp, ) làm sao cho trong một dãy các phản ứng sinh hóa liền nhau, các cơ chất sẽ được "truyền tay" từ enzyme này sang enzyme khác để chuỗi phản ứng được diễn ra liên tục. Khi sản phẩm cuối cùng đã được tích lũy, cả chu trình tạo nên nó có thể bị đóng lại bằng sự ức chế ngược - sản phẩm cuối cùng này đóng vai trò như một chất ức chế không cạnh tranh với enzyme ở đầu dãy và hoạt tính enzyme bị phong tỏa. Mặt khác sự tích tụ cơ chất gây nên một phản ứng đặc hiệu làm mở chu trình - gọi là sự hoạt hóa khai mào. Sự điều hòa hoạt động enzyme được thực hiện nhờ thông tin di truyền trong nhân tế bào. chúng điều chỉnh cho phép enzyme nào sẽ được tổng hợp nên > do đó xác định giới hạn trao đổi chất của tế bào. VI. Nucleic acid Nucleic acid, vật chất mang thông tin di truyên cua các hệ thống sống, là môt polymer hinh thành tư các monomer là nucleotide. Nucleic acid gồm hai loại là desoxyribonucleic acid (DNA) và ribonucleic acid (RNA). 1. Nucleotid Là đơn vị cấu trúc cơ bản của nucleic acid. Là những phân tử tồn trữ thông tin dự trữ trong tế bào. Các nucleotid tự do còn đóng vai trò quan trọng trong hoạt động tạo năng lượng của tế bào như ATP cần cho nhiều phản ứng chuyển hóa; GTP cần cho quá trình tổng hợp protein; Môi nucleotide có 3 thành phân cơ bản: nhóm phosphate, đương pentose (đương 5 carbon) và môt base nitơ. Các base nitơ thuôc hai nhóm: các purine gồm adenine và guanine, các pyrimidine gồm thymine, cytosine và uracil. Các nucleotide đươc nối với nhau băng liên kết phosphodiester tạo thành chuôi dài. Trình tự chính xác của các base trong DNA và RNA đặc trưng cho thông tin di truyền của tế bào và cơ thể. 2. DNA - Desoxyribonucleic acid 2.1. Cấu trúc Phân tử DNA là môt chuôi xoăn kep gồm hai sơi đơn. Môi sơi đơn là môt chuôi nucleotide. Môi nucleotide gồm ba thành phân: nhóm phosphate, đương desoxyribose và môt trong bốn base (adenine, cytosine, guanine và thymine). Hai sơi đơn kết hơp với nhau nhơ các liên kết hydrogen hinh thành giưa các base bô sung năm trên hai sơi: A bô sung cho T và C bô sung cho G. Môi sơi đơn có môt trinh tự đinh hướng với môt đâu 5’phosphate tự do, đâu kia là 3’ hydroxyl tự do (quy ước là 5’ → 3’. Hướng cua hai sơi đơn trong chuôi xoăn kep ngươc nhau, nên đươc goi là hai sơi đối song.
31. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 30 Nhưng phân tich cấu truc hiện đại đa cho thấy cấu truc cua DNA không phải luôn luôn tương ứng với dạng đươc goi là B mà Watson và Crick đa đưa ra. Do sự tác đông cua các hơp chất có trong lương nho hoăc protein dạng B có thê chuyên sang dạng A (nen nhiêu hơn) hoăc là dạng Z (xoăn trái). Chung có thê tự gấp lại (DNA) hoăc xoăn mạnh, vi du môt sơi kep DNA có đô dài là 20 cm đươc nen trong môt chromosome có kich thước là 5 µm. Phân tử DNA trong nhiêm săc thê cua sinh vật eukaryote ơ dạng thăng, con ơ phân lớn tế bào prokaryote (vi khuân) phân tử DNA có dạng vong. Du ơ dạng nào thi các phân tử DNA đêu tồn tại dưới dạng cuôn chăt. Trong tế bào eukaryote, DNA kết hơp chăt che với các protein là histone. Liên kết hydrogen 1 nm 3,4 nm 0,34 nm (a) Cấu trúc của DNA (b) Cấu trúc hóa học của một phần DNA Hình 1.16. Chuỗi xoắn kép của DNA DNA eukaryote có kich thước rất lớn (vi du DNA ơ ngươi có thê dài đến 1 m) nên câu hoi đăt ra là phân tử này phải đươc nen như thế nào vào thê tich rất hạn chế cua nhân. Việc nen đươc thực hiện ơ nhiêu mức đô, mức đô thấp nhất là nucleosome và mức đô cao nhất là o cấu truc nhiêm săc chất. Thật vậy, đương kinh cua chuôi xoăn DNA chi là 20 A , trong khi sơi o o nhiêm săc chất quan sát dưới kinh hiên vi điện tử có đương kinh 100 A , đôi khi đạt 300 A . Điêu này chứng to phân tử DNA tham gia hinh thành nhưng cấu truc phức tạp hơn. o Sơi có đương kinh 100 A là môt chuôi nhiêu nucleosome. Đó là nhưng cấu truc hinh o thành tư môt sơi DNA quấn quanh môt loi gồm 8 phân tử histon. Sơi 100 A này đươc tô chức o thành cấu truc phức tạp hơn là sơi có đương kinh 300 A . Trong nhân tế bào, các sơi vưa kê trên kết hơp chăt che với nhiêu protein khác nhau và cả với các RNA tạo thành nhiêm săc chất, mức đô tô chức cao nhất cua DNA. Trục đường-phosphate Các base
32. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 31 Thymine (T) Adenine (A) Cytosine (C) Phosphate DNA nucleotide Đường (deoxyribose) Guanine (G) Hình 1.17. Cấu trúc các nucleotide điển hình. Các DNA ơ eukaryote có đăc điêm khác với DNA prokaryote. Toàn bô phân tử DNA prokaryote đêu mang thông tin ma hóa cho các protein trong khi đó DNA eukaryote bao gồm nhưng trinh tự ma hoá (các exon) xen ke với nhưng trinh tự không ma hoá (intron). Các trinh tự ma hoá ơ eukaryote chim ngập trong môt khối lớn DNA mà cho đến nay vẫn chưa ro tác dung. Tuy theo mức đô hiện diện cua chung trong nhân, các trinh tự DNA đươc chia làm ba loại: - Các trinh tự lăp lại nhiêu lân. Vi du: ơ đông vật có vu các trinh tự này chiếm 10- 15% genome (hệ gen). Đó là nhưng trinh tự DNA ngăn (10-200 kb), không ma hoá, thương tập trung ơ nhưng vung chuyên biệt trên nhiêm săc thê như ơ vung tâm đông (trinh tự CEN) hay ơ đâu các nhiêm săc thê (trinh tự TEL). Chức năng cua các trinh tự này chưa ro, có thê chung tham gia vào quá trinh di chuyên DNA trên thoi vô săc (trinh tự CEN) hoăc vào quá trinh sao chep toàn ven cua phân DNA năm ơ đâu mut nhiêm săc thê (trinh tự TEL). - Các trinh tự có số lân lăp lại trung binh. Vi du: ơ genome ngươi các trinh tự này chiếm 25-40 %. Chung đa dạng hơn và có kich thước lớn hơn (100-1.000 kb) các trinh tự lăp lại nhiêu lân. Các trinh tự này phân bố trên toàn bô bô gen. Chung có thê
33. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 32 là nhưng trinh tự không ma hóa mà cung có thê là nhưng trinh tự ma hóa cho rRNA, tRNA và RNA 5S. - Các trinh tự duy nhất: là các gen ma hóa cho các protein, có trinh tự đăc trưng cho tưng gen. Môt đăc điêm cua phân tử DNA có y nghia rất quan trong đươc sử dung vào phương pháp lai phân tử. Đó là khả năng biến tinh và hồi tinh. Biến tinh là hiện tương hai sơi đơn cua phân tử DNA tách rơi nhau khi các liên kết hydrogen giưa các base bô sung năm trên hai sơi bi đứt do các tác nhân hóa hoc (dung dich kiêm, formamide, urea) hay do tác nhân vật ly (nhiệt). Sau đó, nếu điêu chinh nhiệt đô và nồng đô muối thich hơp, các sơi đơn có thê băt căp trơ lại theo nguyên tăc bô sung, đê hinh thành phân tử DNA ban đâu, đó là sự hồi tinh. 2.2. Tính chất và vai trò của DNA - Tính chất DNA có tính đặc trưng bởi số lượng thành phần, trật tự và cách xắp xếp của các nucleotide trong cấu trúc. Hàm lượng DNA đặc trưng cho mỗi loài, tỷ lệ A + G/T+ X cũng đặc trưng cho loài. Tính ổn định : tính đặc trưng được duy trì ổn định qua các thế hệ tế bào và cơ thể qua cơ chế nhân đôi, phân ly và tổ hợp qua quá trình gián phân, giảm phân và thụ tinh. Hoạt động gián phân là để duy trì DNA giữ được tính đặc trưng và ổn định qua các thế hệ. Sự nhân đôi và phân ly của nhiễm sắc thể và DNA trong giảm phân thành giao tử đơn bội sau đó nhờ thụ tinh để khôi phục bộ nhiễm sắc thể lưỡng bội duy trì được tính đặc trưng và ổn định của DNA qua các thế hệ của loài sinh sản hữu tính. - Vai trò của DNA + DNA là nơi lưu giữ các thông tin di truyền - là cơ sở di truyền ở mức phân tử- tham gia vào cấu trúc của nhiễm sắc thể. Là thành phần không thể thiếu được trong bất kỳ mọi cấu trúc tế bào nào + Truyền đạt thông tin di truyền cho các thế hệ thông qua sự sao chép (tái bản) phân tử ADN mẹ thành 2 phân tử DNA con giống nhau, và thông qua sự phân ly của hai DNA con về hai tế bào con khi phân bào. + DNA có chức năng phiên mã cho ra các RNA, từ đây sẽ dịch mã để tạo nên protein đặc thù và tạo nên tính trạng đa dạng của sinh vật. 3. RNA - (Ribonucleic acid) Phân tử RNA có cấu tạo tương tự DNA với ba điêm khác biệt sau: - Phân tử RNA là chuôi đơn. - Đương pentose cua phân tử DNA là ribose (C5H10O5) thay vi deoxyribose. - Thymine, môt trong bốn loại base hinh thành nên phân tử DNA, đươc thay thế băng uracil trong phân tử RNA. Trong tế bào có ba loại RNA cơ bản đưọc phân loại theo chức năng, mỗi loại đều có cấu trúc đặc thù riêng.
34. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 33 3.1. RNA thông tin ( mRNA) Có cấu trúc mạch đơn, chiếm 3-5% tổng số RNA, chịu trách nhiệm mang thông tin di truyền từ trong nhân ra ngoài. Ỏ tế bào Eukaryota (tế bào có nhân điển hình) mRNA tính từ lúc sao mã xong đến khi trở thành mRNA thực sự phải trải, qua một số biến đổi. - Trong quá trình sao mã, đầu 5’ được gắn với 7-methylguanosine và ba nhóm phosphat. (GPPP) - Quá trình sao mã hoàn toàn, đầu 3’ được gắn thêm 100 - 200 A (poly A)- việc gắn polyA có thể có vai trò giúp RNA ra khỏi nhân. - Phân tử mRNA khi mới sao mã xong chứa một lượng nucleotid rất lớn - gồm các đoạn Exon (mang mã thật sự) xen với các đoạn Intron (không mang mã). Trước lúc ra khỏi nhân, các đoạn Intron được cắt đi và nối các đoạn Exon lại với nhau trở thành mRNA thực sự. 3.2. RNA vận chuyển (tRNA) Là các RNA nhỏ, chiếm 10-15% - có nhiệm vụ mang các amino acid đặc hiệu đến ribosom trong quá trình giải mã. Sự kết hợp giữa amino acid với tRNA nhờ enzyme đặc hiệu là amynoacyl-tRNA synthetase (AAS) cũng đặc hiệu cho từng amino acid. tRNA có cấu trúc không gian hình chĩa ba với một số vòng tạo xoắn theo nguyên tắc bổ sung và một số vòng không tạo xoắn trên tRNA có các vị trí đặc biệt sau Hình 1.18. tARN - Vị trí gắn amino acid- là dãy ACC ở đầu 3’
35. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 34 - Vị trí nhận biết mã gọi là vị trí đối mã- nhờ có các base đặc hiệu nên tRNA nhận biết chính xác đơn vị mã tương ứng trên mRNA theo nguyên tắc bổ sung. - Ngoài ra còn một số vị trí đặc hiệu khác là nhánh T(- nhánh ghi nhận Ri- giúp tRNA định vị trong Ribosom. Nhánh ghi nhận enzyme DHU (chứa hydrouridine) giúp tRNA chịu tác dụng của enzyme AAS. Chức năng chủ yếu của tRNA là vận tải amino acid đến Ri và cùng với mRNA đặt amino acid vào vị trí thích hợp trên chuỗi polypeptit. Mỗi phân tử tRNA chỉ liên kết tạm thời với một amino acid nhất định nhờ AAS cũng đặc hiệu cho từng amino acid. Có trên 60 loại tRNA khác nhau mà chỉ có 20 loại amino acid. Như vậy một loại amino acid có thể được liên kết và vận tải bởi vài loại tRNA khác nhau. tRNA được tổng hợp từ các gen chuyên trách (tRNA) ở prokaryota có 40 - 80 gen này, ở Eukaryota có 520 - 1450 gen tùy từng sinh vật. Các gen này nằm thành từng chùm rải rác trên các nhiễm sắc thể. 3.3. rRNA (RNA riboxom) rRNA là thành phân cơ bản cua ribosome, vưa đóng vai tro xuc tác và cấu truc trong sự tông hơp protein. Tuy theo hệ số lăng rRNA đươc chia thành nhiêu loại: ơ eukaryote có rRNA 28S, 18S, 5,8S và 5S, con các rRNA ơ E. coli có ba loại: 23S, 16S và 5S. rRNA chiếm nhiêu nhất trong ba loại RNA (80% tông số RNA tế bào), tiếp đến là tRNA và mRNA chi chiếm 5%. Tế bào sinh vật nhân chuân con chứa nhưng phân tử RNA nho (small nuclear, snRNA) tham gia vào ghep nối các exon. Ribosome cua moi tế bào đêu gồm môt tiêu đơn vi nho và môt tiêu đơn vi lớn. Môi tiêu đơn vi có mang nhiêu protein và rRNA có kich thước khác nhau.Các tiêu phân cua Ri đươc hinh thành tư hạch nhân rồi đi ra bào tương. Sự kết hợp giữa hai tiểu phần chỉ xuất hiện khi tham gia quá trình giải mã.
36. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 35
37. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 35 Chương 2 Sinh tổng hợp protein Điều hòa sinh tổng hợp protein 1. Mã di truyền Do chỉ có bốn loại nucleotide khác nhau trong mRNA và có đến 20 loại amino acid trong protein nên sự dịch mã không thể được thực hiện theo kiểu tương ứng một nucleotide-một amino acid được. Người ta đã giải mã toàn bộ các amino acid vào những năm đầu của thập kỷ 1960. Mỗi amino acid được mã hóa bởi ba nucleotide liên tiếp trên DNA (hoặc RNA tương ứng), bộ ba nucleotide này được gọi là một codon. Với 4 loại nucleotide khác nhau sẽ có 43 = 64 codon khác nhau được phân biệt bởi thành phần và trật tự của các nucleotide. Trong số này có 3 codon kết thúc là UAA, UAG và UGA có nhiệm vụ báo hiệu chấm dứt việc tổng hợp chuỗi polypeptide. Trong 61 mã còn lại có nhiều codon cùng mã hóa cho một amino acid . - Các codon được đọc theo hướng 5'→3'. Vì vậy chuỗi mã hóa cho dipeptide NH2- Thr-Arg-COOH được viết là 5'-ACGCGA-3'. Các codon không chồng lên nhau và vùng dịch mã của mRNA không chứa các khoảng trống. 2. Các ribosome Ribosome là bộ máy đại phân tử điều khiển sự tổng hợp protein. Nó được cấu tạo bởi ít nhất là ba phân tử RNA và hơn 50 protein khác nhau, với trọng lượng phân tử là 2,5 MDa (megadalton) đối với ribosome của prokaryote và 4,2 MDa đối với ribosome của eukaryote. 2.1. Thành phần cấu tạo của ribosome Mỗi ribosome bao gồm một tiểu đơn vị lớn và một tiểu đơn vị nhỏ. Tiểu đơn vị lớn chứa trung tâm peptidyl transferase chịu trách nhiệm cho việc hình thành các cầu nối peptide. Tiểu đơn vị nhỏ chứa trung tâm giải mã, là nơi các tRNA đã được gắn amino acid đọc và giải mã các codon. Ngoài ra còn có trung tâm gắn các yếu tố ở tiểu đơn vị lớn. Theo quy ước, các tiểu đơn vị được đặt tên theo tốc độ lắng của chúng dưới lực ly tâm. Đơn vị đo tốc độ lắng là Svedberg và được viết tắt là S. Ribosome của prokaryote là ribosome 70S, trong đó tiểu đơn vị lớn là 50S và tiểu đơn vị nhỏ là 30S. Ribosome của eukaryote là 80S, với tiểu đơn vị lớn là 60S và tiểu đơn vị nhỏ là 40S. Mỗi tiểu đơn vị đều được cấu tạo bởi các RNA ribosome (rRNA) và các protein ribosome. Đơn vị Svedberg lại được sử dụng để phân biệt các rRNA (Bảng 2.1). Bảng 2.1. Các thành phần cấu tạo của ribosome. Các thành Prokaryote Eukaryote phần cấu tạo Tiểu đơn vị Tiểu đơn vị Tiểu đơn vị Tiểu đơn vị lớn (50S) nhỏ (30S) lớn (60S) nhỏ (40S) rRNA rRNA 5S rRNA 16S rRNA 5,8S rRNA 18S (120 Nu) (1540 Nu) (160 Nu) (1900 Nu) rRNA 23S rRNA 5S (2900 Nu) (120 Nu) rRNA 28S (4700 Nu) Protein 34 protein 21 protein 49 protein 33 protein
38. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 36 Trong quá trình dịch mã, tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ của mỗi ribosome liên kết với nhau và với mRNA. Sau mỗi vòng tổng hợp protein, chúng lại rời nhau ra. 2.2. Các vị trí gắn tRNA trên ribosome Trên ribosome chứa ba vị trí gắn tRNA là vị trí A, P và E. Trong đó: - A là vị trí gắn aminoacyl-tRNA (tRNA có mang amino acid). - P là vị trí gắn peptidyl-tRNA (tRNA có mang chuỗi polypeptide). - E là vị trí gắn tRNA mà được phóng thích sau khi chuỗi polypeptide được chuyển sang aminoacyl-tRNA. Mỗi vị trí gắn tRNA được hình thành tại giao diện giữa tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ. Bằng cách này, các tRNA được gắn vào có thể bắt ngang qua khoảng cách giữa trung tâm peptidyl transferase của tiểu đơn vị lớn và trung tâm giải mã của tiểu đơn vị nhỏ. Đầu 3' của tRNA được nằm gần tiểu đơn vị lớn và vòng đối mã gần tiểu đơn vị nhỏ. Hình 2.1. Các thành phần chức năng của ribosome. 2.3. Các kênh của ribosome Đó là các kênh cho phép mRNA đi vào và đi ra khỏi ribosome, và kênh cho phép chuỗi polypeptide mới sinh đi ra khỏi ribosome. mRNA đi vào và đi ra khỏi trung tâm giải mã của ribosome thông qua hai kênh hẹp tại tiểu đơn vị nhỏ. Trong đó, kênh vào có chiều rộng chỉ đủ cho RNA không bắt cặp đi qua. Đặc điểm này đảm bảo cho mRNA được duỗi thẳng khi nó đi vào trung tâm giải mã, bằng cách loại bỏ mọi tương tác bắt cặp base bổ sung nội phân tử. Một kênh xuyên qua tiểu đơn vị lớn tạo lối thoát cho chuỗi polypeptide mới được tổng hợp. Kích thước của kênh đã hạn chế được sự gấp của các chuỗi polypeptide đang tổng hợp. Vì vậy, protein chỉ có thể hình thành cấu trúc bậc ba sau khi nó được giải phóng khỏi ribosome. 3. Sự hình thành aminoacyl-tRNA 3.1. Bản chất của sự gắn amino acid vào tRNA Quá trình gắn amino acid vào tRNA là quá trình hình thành một liên kết acyl giữa nhóm carboxyl của amino acid và nhóm 2'- hoặc 3'-OH của adenine ở đầu 3' của tRNA. Liên kết này được xem là một liên kết giàu năng lượng. Năng lượng giải phóng ra khi liên
39. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 37 kết bị phá vỡ giúp hình thành cầu nối peptide để liên kết amino acid với chuỗi polypeptide đang được tổng hợp. 3.2. Sự nhận diện và gắn amino acid vào tRNA Sự nhận diện và gắn amino acid vào tRNA tương ứng được thực hiện bởi một enzyme gọi là aminoacyl-tRNA synthetase. Quá trình này diễn ra như sau: đầu tiên, amino acid được adenylyl hóa bằng cách phản ứng với ATP, kết quả tạo thành amino acid có gắn adenylic acid qua cầu nối ester giàu năng lượng giữa nhóm COOH của amino acid và nhóm phosphoryl của AMP, đồng thời giải phóng ra pyrophosphate. Sau đó, amino acid được adenylyl hóa này (vẫn đang gắn với synthetase) phản ứng tiếp với tRNA. Phản ứng này chuyển amino acid đến đầu 3' của tRNA để gắn với nhóm OH, đồng thời giải phóng AMP. Phản ứng tổng hợp của quá trình này như sau: Amino acid + tRNA + ATP → aminoacyl-tRNA + AMP + PPi 3.3. Tính đặc hiệu của aminoacyl-tRNA synthetase Hầu hết các tế bào đều có một enzyme synthetase riêng biệt chịu trách nhiệm cho việc gắn một amino acid vào một tRNA tương ứng (như vậy có tất cả 20 synthetase). Tuy nhiên, nhiều vi khuẩn có dưới 20 synthetase. Trong trường hợp này, cùng một synthetase chịu trách nhiệm cho hơn một loại amino acid. Sự nhận diện amino acid chính xác là dựa vào kích thước, sự tích điện và gốc R khác nhau của các amino acid. Sự nhận diện tRNA dựa vào các trình tự nucleotide khác nhau của tRNA. Tỷ lệ sai sót trong quá trình gắn amino acid với tRNA tương ứng là khá thấp. 3.4. Phân loại aminoacyl-tRNA synthetase Có hai loại tRNA synthetase. - Loại I bao gồm các synthetase gắn các amino acid như Glu, Gln, Arg, Cys, Met, Val, Ile, Leu, Tyr, Trp vào nhóm 2'-OH. - Loại II gồm các synthetase gắn các amino acid như Gly, Ala, Pro, Ser, Thr, His, Asp, Asn, Lys, Phe vào nhóm 3'-OH. 4. Các giai đoạn của quá trình dịch mã Quá trình dịch mã được bắt đầu bằng sự gắn của mRNA và một tRNA khởi đầu với tiểu đơn vị nhỏ tự do của ribosome. Phức hợp tiểu đơn vị nhỏ-mRNA thu hút tiểu đơn vị lớn đến để tạo nên ribosome nguyên vẹn với mRNA được kẹp giữa hai tiểu đơn vị. Sự tổng hợp protein được bắt đầu tại codon khởi đầu ở đầu 5' của mRNA và tiến dần về phía 3'. Khi ribosome dịch mã từ codon này sang codon khác, một tRNA đã gắn amino acid kế tiếp được đưa vào trung tâm giải mã và trung tâm peptidyl transferase của ribosome. Khi ribosome gặp codon kết thúc thì quá trình tổng hợp chuỗi polypeptide kết thúc. Chuỗi này được giải phóng, hai tiểu đơn vị của ribosome rời nhau ra và sẵn sàng đến gặp mRNA mới để thực hiện một chu trình tổng hợp protein mới. Quá trình dịch mã được chia thành ba giai đoạn là khởi đầu, kéo dài và kết thúc. 4.1. Giai đoạn khởi đầu 4.1.1. Ở prokaryote *Các yếu tố khởi đầu (IF: initiation factor) Có các yếu tố khởi đầu xúc tác cho tiểu đơn vị nhỏ trong việc hình thành phức hợp khởi đầu. Đó là IF1, IF2, IF3. Mỗi yếu tố khởi đầu có tác dụng như sau: - IF1 giúp tiểu đơn vị nhỏ gắn vào mRNA và ngăn cản các tRNA gắn vào vùng thuộc vị trí A trên tiểu đơn vị nhỏ.
40. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 38 - IF2 là một protein gắn và thủy phân GTP. IF2 thúc đẩy sự liên kết giữa fMet- fMet tRNAi và tiểu đơn vị nhỏ, ngăn cản những aminoacyl-tRNA khác đến gắn vào tiểu đơn vị nhỏ. - IF3 ngăn cản tiểu đơn vị nhỏ tái liên kết với tiểu đơn vị lớn và gắn với các tRNA mang amino acid. IF3 gắn vào tiểu đơn vị nhỏ vào cuối vòng dịch mã trước, nó giúp tách ribosome 70S thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ. Khi tiểu đơn vị nhỏ đã được gắn ba yếu tố khởi đầu, nó sẽ gắn tRNA khởi đầu và mRNA. Sự gắn hai RNA này là hoàn toàn độc lập với nhau. *Bước 1: Tiểu đơn vị nhỏ gắn vào codon khởi đầu Sự liên kết giữa tiểu đơn vị nhỏ với mRNA được thực hiện thông qua sự bắt cặp base bổ sung giữa vị trí gắn ribosome và rRNA 16S. Các mRNA của vi khuẩn có một trình tự nucleotide đặc hiệu gọi là trình tự Shine-Dalgarno (SD) gồm 5-10 nucleotide trước codon khởi đầu. Trình tự này bổ sung với một trình tự nucleotide gần đầu 3' của rRNA 16S. Tiểu đơn vị nhỏ được đặt trên mRNA sao cho codon khởi đầu được đặt đúng vào vị trí P một khi tiểu đơn vị lớn gắn vào phức hợp. *Bước 2: tRNA đầu tiên có mang methionine biến đổi đến gắn trực tiếp với tiểu đơn vị nhỏ Một tRNA đặc biệt được gọi tRNA khởi đầu đến gắn trực tiếp với vị trí P (không qua vị trí A). tRNA có anticodon (bộ ba đối mã) có thể bắt cặp với AUG hoặc GUG. Tuy nhiên tRNA này không mang methionine cũng như valine mà mang một dạng biến đổi của methionine gọi là N-formyl methionine. tRNA khởi đầu fMet này được gọi là fMet-tRNAi . Trong hoặc sau quá trình tổng hợp polypeptide, gốc formyl được loại bỏ bởi enzyme deformylase. Ngoài ra, aminopeptidase sẽ loại bỏ methionine cũng như một hoặc hai amino acid kế tiếp ở đầu chuỗi polypeptide. *Bước 3: Hình thành phức hợp khởi đầu 70S Bước gắn thêm tiểu đơn vị lớn để tạo thành phức hợp khởi đầu 70S diễn ra như sau: khi codon khởi đầu fMet và fMet-tRNAi bắt cặp với nhau, tiểu đơn vị nhỏ thay đổi hình dạng làm giải phóng IF3. Sự vắng mặt IF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn vào tiểu đơn vị nhỏ đang mang các thành phần trên. Nhờ có tiểu đơn vị lớn gắn vào, hoạt tính GTPase của IF2-GTP được kích thích để thủy phân GTP. IF2-GDP tạo thành có ái lực thấp đối với ribosome và tRNA khởi đầu dẫn đến sự giải phóng IF2- GDP cũng như IF1. Như vậy phức hợp khởi đầu cuối cùng được tạo thành bao gồm ribosome 70S được gắn fMet tại codon khởi đầu của mRNA, với fMet-tRNAi tại vị trí P, còn vị trí A đang trống. Phức hợp này sẵn sàng tiếp nhận một tRNA mang amino acid vào vị trí A để bắt đầu tổng hợp polypeptide Hình 2.2. Khởi đầu dịch mã ở prokaryote.
41. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 39 4.1.2. Ở Eukaryote * Bước 1: Sự hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S Giai đoạn khởi đầu đòi hỏi sự hỗ trợ của hơn 30 protein khác nhau, mặc dù eukaryote cũng có những yếu tố khởi đầu tương ứng với prokaryote. Các yếu tố khởi đầu này được ký hiệu là eIF. Hình 2.3. Khởi đầu dịch mã ở eukaryote. Khi ribosome của eukaryote hoàn thành một chu trình dịch mã, nó tách rời ra thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ tự do thông qua tác động của các yếu tố eIF3 và eIF1A (tương tự với IF3 ở prokaryote). Hai protein gắn GTP là eIF2 và eIF5B làm trung gian thu hút tRNA khởi đầu đã gắn methionine (chứ không phải N-formyl methionine như ở prokaryote) đến tiểu đơn vị nhỏ. Chính yếu tố eIF5B-GTP là tương đồng với IF2-GTP của prokaryote. Yếu tố này liên kết với tiểu đơn vị nhỏ theo phương thức phụ thuộc eIF1A. Rồi Met eIF5B-GTP giúp thu hút phức hợp eIF2-GTP và Met-tRNAi đến tiểu đơn vị nhỏ. Hai Met protein gắn GTP này cùng nhau đưa Met-tRNAi vào vùng thuộc vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ. Kết quả, hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S. *Bước 2: Sự nhận dạng mũ 5' của mRNA Quá trình này được thực hiện thông qua eIF4F. Yếu tố này có ba tiểu đơn vị, một tiểu đơn vị gắn vào mũ 5', hai tiểu đơn vị khác gắn với RNA. Phức hợp này lại được gắn với eIF4B làm hoạt hóa một enzyme RNA helicase của một trong những tiểu đơn vị của eIF4F. Helicase này tháo xoắn tất cả các cấu trúc bậc hai được hình thành ở đầu tận cùng của mRNA. Phức hợp eIF4F/B và mRNA lại thu hút phức hợp tiền khởi đầu 43S đến thông qua tương tác giữa eIF4F và eIF3. *Bước 3: Tiểu đơn vị nhỏ tìm thấy codon khởi đầu bằng cách quét xuôi dòng từ đầu 5' của mRNA và sự hình thành phức hợp khởi đầu 80S
42. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 40 Một khi được gắn vào đầu 5' của mRNA, tiểu đơn vị nhỏ và các yếu tố liên kết với nó di chuyển dọc theo mRNA theo hướng 5' → 3' cho đến khi gặp trình tự 5'-AUG-3' đầu tiên mà nó nhận dạng là codon khởi đầu. Codon được nhận dạng bằng sự bắt cặp base bổ sung giữa anticodon (bộ ba đối mã) của tRNA khởi đầu và codon khởi đầu. Sự bắt cặp này thúc đẩy phóng thích eIF2 và eIF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn được vào tiểu đơn vị nhỏ. Sự gắn này dẫn đến phóng thích các yếu tố khởi đầu còn lại thông qua sự thủy phân GTP Met dưới tác dụng của eIF5B. Cuối cùng, Met-tRNAi được đưa vào vị trí P của phức hợp khởi đầu 80S. Lúc này, ribosome ở trong tư thế sẵn sàng tiếp nhận aminoacyl-tRNA vào vị trí A. *Những yếu tố khởi đầu dịch mã giữ mRNA eukaryote ở dạng vòng Ngoài việc gắn vào đầu 5' của mRNA, các yếu tố khởi đầu còn liên kết chặt chẽ với đầu 3' thông qua đuôi poly(A). Điều này được thực hiện bởi sự tương tác giữa eIF4F và protein gắn poly(A) bọc bên ngoài đuôi poly(A). Việc tìm thấy các yếu tố khởi đầu dịch mã có vai trò "vòng hóa" mRNA theo phương thức phụ thuộc đuôi poly(A) đã giải thích được quan sát trước đây là một khi ribosome kết thúc sự dịch mã một mRNA mà được vòng hóa thông qua đuôi poly(A) thì ribosome mới được phóng thích này là ribosome lý tưởng để tái khởi đầu dịch mã trên cùng mRNA. 4.2. Giai đoạn kéo dài 4.2.1. Bước 1: Aminoacyl-tRNA được đưa đến vị trí A nhờ yếu tố kéo dài EF-Tu Một khi tRNA đã gắn amino acid thì EF-Tu đến gắn vào đầu 3' của aminoacyl- tRNA. EF-Tu chỉ có thể gắn với aminoacyl-tRNA khi nó liên kết với GTP. EF-Tu-GTP đưa aminoacyl-tRNA vào vị trí A của ribosome. Chỉ phức hợp aminoacyl-tRNA-EF-Tu- GTP nào có anticodon bổ sung với codon của mRNA tại vị trí A thì mới được giữ lại trên ribosome. Sau đó, EF-Tu tương tác với trung tâm gắn yếu tố của ribosome nằm trên tiểu đơn vị lớn và thủy phân GTP, rồi EF-Tu được phóng thích khỏi tRNA và ribosome, để aminoacyl-tRNA nằm lại tại vị trí A. Hình 2.4. Kéo dài dịch mã. 4.2.2. Bước 2: Hình thành cầu nối peptide
43. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 41 Aminoacyl-tRNA tại vị trí A được quay vào trung tâm peptidyl transferase và cầu nối peptide được hình thành. Phản ứng này được xúc tác bởi peptidyl transferase, ngày nay nó được xác định là rRNA, đặc biệt là rRNA 23S của tiểu đơn vị lớn. Vì vậy, peptidyl transferase còn được gọi là ribozyme. Trong quá trình hình thành cầu nối peptide, cầu nối giữa amino acid và tRNA ở vị trí A không bị phá vỡ. Đầu 3' của cả hai tRNA được đưa đến gần nhau và nhóm amine của amino acid ở vị trí A tấn công nhóm carboxyl của amino acid ở vị trí P. Kết quả là tRNA ở vị trí A mang một dipeptide, trong khi tRNA ở vị trí P đã bị khử acyl. Sau đó xảy ra sự chuyển dịch (xem bước 3): peptidyl-tRNA (đang mang dipeptide) chuyển sang vị trí P, và vị trí A sẵn sàng tiếp nhận một aminoacyl-tRNA mới. Cầu nối peptide tiếp theo được hình thành theo cách giống hệt trên, trong đó nhóm amine của amino acid mới liên kết với nhóm carboxyl ở đầu C tận cùng của chuỗi polypeptide đang tổng hợp. Thực chất, đây là quá trình chuyển chuỗi polypeptide đang tổng hợp từ peptidyl- tRNA ở vị trí P sang aminoacyl-tRNA ở vị trí A. Vì vậy, phản ứng tạo cầu nối peptide được gọi là phản ứng peptidyl transferase. Như vậy, chuỗi polypeptide được tổng hợp theo chiều từ đầu N đến đầu C. Trong quá trình này, không có sự thủy phân nucleoside triphosphate. Năng lượng được cung cấp từ sự phá vỡ cầu nối acyl giàu năng lượng giữa chuỗi polypeptide đang tổng hợp và tRNA. 4.2.3. Bước 3: Sự chuyển dịch (translocation) Một khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra thì tRNA trong vị trí P không gắn với amino acid nữa, và chuỗi polypeptide đang hình thành được liên kết với tRNA trong vị trí A. Để một vòng kéo dài polypeptide mới xảy ra, tRNA ở vị trí P phải chuyển đến vị trí E và tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P. Đồng thời, mRNA phải di chuyển qua 3 nucleotide để ribosome tiếp xúc với codon tiếp theo. Những sự di chuyển này được gọi là sự chuyển dịch. Bước đầu tiên trong chuyển dịch được song hành với phản ứng peptidyl transferase. Khi chuỗi peptide được chuyển sang tRNA ở vị trí A, đầu 3' của tRNA này hướng đến vùng vị trí P của tiểu đơn vị lớn, trong khi đầu anticodon vẫn còn nằm ở vị trí A. Tương tự, tRNA ở vị trí P (mà không còn gắn chuỗi polypeptide nữa) nằm ở vị trí E của tiểu đơn vị lớn và vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ. Để hoàn thành sự chuyển dịch phải có sự tác động của một yếu tố kéo dài gọi là EF- G. EF-G chỉ gắn vào ribosome khi được liên kết với GTP. Sau khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra, sự thay đổi vị trí của tRNA ở vị trí A đã để lộ vị trí gắn cho EF-G. Khi EF-G-GTP gắn vào vị trí này, nó tiếp xúc với trung tâm gắn yếu tố và kích thích thủy phân GTP. Sự thủy phân này làm thay đổi hình dạng của EF-G-GDP và cho phép nó với tới tiểu đơn vị nhỏ để thúc đẩy sự chuyển dịch của tRNA ở vị trí A. Khi sự chuyển dịch được hoàn thành, cấu trúc của ribosome giảm đáng kể ái lực với EF-G-GDP, điều này cho phép yếu tố kéo dài được phóng thích khỏi ribosome. Cùng với việc tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P, tRNA ở vị trí P chuyển đến vị trí E và mRNA dịch chuyển ba nucleotide. Từ vị trí E, tRNA được phóng thích khỏi ribosome. 4.2.4. Các yếu tố kéo dài có gắn GDP (EF-Tu-GDP và EF-G-GDP) được đổi GDP thành GTP trước khi tham gia vào vòng kéo dài mới EF-Tu và EF-G là những protein xúc tác mà chỉ được sử dụng một lần đối với một vòng kéo dài bao gồm đưa tRNA vào ribosome, hình thành cầu nối peptide, và chuyển dịch. Sau khi GTP được thủy phân, hai protein trên phải giải phóng GDP và gắn với một GTP mới.
44. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 42 Đối với EF-G, do GDP có ái lực thấp với EF-G hơn GTP nên GDP nhanh chóng được giải phóng và GTP mới được gắn vào. Đối với EF-Tu, cần có sự tham gia của yếu tố hoán đổi GTP gọi là EF-Ts. Sau khi EF-Tu-GDP được phóng thích khỏi ribosome, EF-Ts được gắn vào EF-Tu và thế chỗ của GDP. Sau đó GTP đến gắn vào phức hợp EF-Tu-EF-Ts. Phức hợp sau cùng được tách thành EF-Ts tự do và EF-Tu-GTP. 4.3. Giai đoạn kết thúc 4.3.1. Các yếu tố giải phóng kết thúc dịch mã Chu kỳ gắn aminoacyl-tRNA của ribosome, sự hình thành cầu nối peptide, và sự chuyển dịch xảy ra liên tục cho đến khi một trong ba codon kết thúc vào vị trí A. Các codon này được nhận diện bởi các yếu tố giải phóng (RF: release factor) (Hình 6.5). Có hai loại yếu tố giải phóng: - Các yếu tố giải phóng loại I nhận diện codon kết thúc và thúc đẩy sự thủy phân để tách chuỗi polypeptide ra khỏi peptidyl-tRNA tại vị trí P. Prokaryote có hai yếu tố giải phóng loại I là RF1 và RF2, trong đó RF1 nhận diện codon kết thúc UAG và RF2 nhận diện UGA, còn UAA được nhận diện bởi cả RF1 và RF2. Eukaryote chỉ có một yếu tố giải phóng gọi là eRF1 nhận diện được cả ba loại codon kết thúc. - Các yếu tố giải phóng loại II kích thích sự tách yếu tố giải phóng loại I ra khỏi ribosome sau khi chuỗi polypeptide được giải phóng. Chỉ có một yếu tố giải phóng loại II, được gọi là RF3 ở prokaryote và eRF3 ở eukaryote. Yếu tố giải phóng loại II được điều hòa bởi GTP. Hình 2.5. Kết thúc dịch mã. 4.3.2. Sự hoán đổi GDP/GTP và thủy phân GTP điều khiển hoạt động của yếu tố giải phóng loại II
45. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 43 Yếu tố giải phóng loại II là một protein gắn GTP nhưng có ái lực với GDP cao hơn GTP. Vì vậy, phần lớn RF3 được gắn với GDP. RF3-GDP gắn với ribosome theo một phương thức phụ thuộc sự hiện diện của yếu tố giải phóng loại I. Sau khi yếu tố giải phóng loại I kích thích sự phóng thích chuỗi polypeptide, xảy ra một sự thay đổi hình dạng ribosome, và yếu tố giải phóng loại I kích thích RF3 hoán đổi GDP thành GTP. Sự gắn GTP vào RF3 dẫn đến sự hình thành tương tác ái lực cao với ribosome và đẩy yếu tố giải phóng loại I ra khỏi ribosome. Sự thay đổi này cho phép RF3 liên kết với trung tâm gắn yếu tố của tiểu đơn vị lớn. Sự tương tác này kích thích thủy phân GTP. Vì không còn yếu tố loại I nữa nên RF3-GDP có ái lực thấp với ribosome và bị phóng thích ra ngoài. 4.3.3. Sự tái tuần hoàn của ribosome Sau khi phóng thích chuỗi polypeptide và các yếu tố giải phóng, ribosome vẫn còn gắn với mRNA cùng với hai tRNA tại vị trí P và vị trí E. Để ribosome tham gia vào quá trình tổng hợp polypeptide mới, tRNA và mRNA phải đi khỏi ribosome và hai tiểu đơn vị của ribosome phải rời nhau ra. Tập hợp những sự kiện như vậy gọi là sự tái tuần hoàn ribosome (ribosome recycling). Ở prokaryote, có một yếu tố gọi là yếu tố tái tuần hoàn ribosome (RRF: ribosome recycling factor). RRF gắn vào vị trí A, nó bắt chước tRNA. RRF lôi kéo EF-G đến ribosome và EF-G kích thích giải phóng những tRNA tại vị trí P và E. Sau đó, EF-G và RRF được phóng thích khỏi ribosome cùng với mRNA. IF3 có thể tham gia vào sự giải phóng mRNA đồng thời nó cũng cần cho sự tách rời hai tiểu đơn vị của ribosome. Kết quả tạo ra tiểu đơn vị nhỏ gắn IF3 và tiểu đơn vị lớn tự do. Ribosome bây giờ có thể tham gia vào vòng dịch mã mới. 5. Điều hòa biểu hiện gen ở prokaryote Các gen được phiên mã tạo RNA, được gọi là các gen cấu trúc. Các protein được dịch mã từ mRNA có thể là enzyme hoặc không phải enzyme. Trong số các protein không phải ennzyme có các protein điều hòa (regulatory protein), chúng tương tác với các trình tự DNA đặc hiệu để kiểm soát hoạt tính phiên mã của các gen cấu trúc. Các gen tổng hợp các protein điều hòa được gọi là các gen điều hòa (regulatory gen). Phía trước mỗi gen cấu trúc (hoặc một nhóm gen) có một trình tự promoter, nơi RNA polymerase nhận biết. Cơ chế điều hòa ở prokaryote chủ yếu được thực hiện thong qua operon. Đây là khái niệm chỉ tồn tại ở prokaryote. 5.1. Cấu trúc của promoter Thực chất của khởi sự phiên mã là quan hệ trực tiếp giữa RNA polymerase và promoter. Khi RNA polymerase gắn vào promoter, nó sẽ phiên mã tạo phân tử RNA. Phần lớn promoter ở E. coli về căn bản có cùng cấu trúc: Nếu base đầu tiên được phiên mã thành mRNA (luôn là purine, thường là adenin) được đánh số +1, thì tất cả các base phía 5’ hay “phía trước” so với nó không được phiên mã là số trừ (-). Ngay phía trước +1 có 6 base thường với trình tự TATAAT ở xung quanh -10, và trình tự TTGACA (trình tự liên ứng-consensus sequence) ở xung quanh -35. Cả hai trình tự phối hợp nhau cho phép RNA polymerase gắn vào và khởi sự dịch mã, trình tự -35 tạo điều kiện đầu tiên cho việc gắn vào.
46. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Operon 44 Gen cấu trúc Gen điều hòa Phiên mã Phiên mã Dịch mã Dịch mã Protein điều hòa Các con đường hóa sinh Tiền chất X Các sản phẩm Sản phẩm Y trung gian Hình 2.6. Phương thức chung điều hòa biểu hiện gen ở prokaryote. 5.2. Cấu trúc của operon Operon là đơn vị phiên mã gồm ít nhất một promoter và mRNA ở bước tiếp theo để mã hóa cho các trình tự của một hay nhiều chuỗi polypeptide. Tuy nhiên, operon có thể có một hay nhiều điểm điều hòa khác với promoter. Các gen không chịu sự điều hòa do tác động môi trường, tạo sản phẩm thường xuyên, được gọi là các gen cấu trúc. Số lượng sản phẩm của các gen này có thể dao động phụ thuộc vào ái lực tương đối của các promoter của chúng đối với RNA polymerase. Các promoter có ái lực mạnh (strong promoter) tạo ra nhiều sản phẩm của gen hơn các promoter có ái lực yếu. Các gen mà sản phẩm protein của chúng được tổng hợp đáp lại với các nhân tố môi trường, thường được điều khiển bởi một hay nhiều protein điều hòa. Trình tự DNA bên trong operon, nơi mà protein ức chế gắn vào, được gọi là operator (điểm điều hành). Việc gắn protein ức chế lên operator ngăn cản sự phiên mã của tất cả các gen cấu trúc trên cùng một operon. Sự kiểm soát như vậy đối với với gen gọi là kiêm soát âm. Các operon của vi khuẩn thường tạo ra các mRNA đa gen, nhưng mRNA của eukaryote chỉ một gen. Các protein cần thiết biểu hiện gen được gọi là chất hoạt hóa. Chúng có thể gắn với các điểm khởi sự nằm bên trong của promoter của operon hay điểm tăng cường hoặc có thể gắn ở những trình tự xa operon. Việc gắn của protein điều hòa vào điểm khởi đầu (initiator) hay enhancer, kích thích sự phiên mã của các gen cấu trúc, được gọi là cơ chế kiểm soát dương. Sự kích thích để các gen điều hòa phản ứng có thể là từ các phân tử tương đối nhỏ như đường, amino acid đến các phân tử lớn hơn như các phức hợp hormone steroid và các protein thể nhận (receptor). Chất làm cho gen phiên mã được gọi là chất cảm ứng, có tác động ngược với chất kìm hãm. Các gen cảm ứng thường tham gia vào các phản ứng thoái dưỡng (catabolic reaction), như phân hủy các polysacaride thành đường đơn. Các gen ức chế thường tham gia vào các phản ứng biến dưỡng thực hiện việc tổng hợp các chất như amino acid từ các tiền chất đơn giản hơn. 5.3. Điều hòa thoái dưỡng: Kiểm soát âm-cảm ứng Trong thoái dưỡng, các chất thức ăn được phân hủy dễ tạo năng lượng hoặc các chất cần thiết cho quá trình tổng hợp. Cơ chế điều hòa ở đây là sự có mặt của cơ chất (ví dụ lactose) dẫn tới tổng hợp các enzyme phân hủy. Ví dụ điển hình cho trường hợp này là operon lactose của E. coli. β-galactosidase là enzyme có chức năng đôi. Chức năng đầu tiên của nó là thoái dưỡng lactose thành glucose
47. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 45 và galactose. Chức năng thứ hai của nó là chuyển liên kết 1-4 của glucose và galactose thành liên kết 1-5 của allolactose. Bình thường enzyme này không hiện diện ở nồng độ cao trong tế bào, khi vắng mặt lactose trong môi trường. Ngay sau khi cho lactose vào môi trường nuôi khi không có glucose, enzyme này bắt đầu được tạo ra. Sự vận chuyển lactose xuyên qua màng tế bào có hiệu quả nhờ protein vận chuyển galactoside permease. Protein cũng xuất hiện với nồng độ cao khi có lactose trong môi trường. Sự điều hòa của operon lactose còn phụ thuộc vào nồng độ glucose trong môi trường. Mức glucose này lại kiểm soát mức nội bào phân tử nhỏ c-AMP (cyclic adenosine monophosphat), là chất bắt nguồn từ ATP và làm tín hiệu báo động cho tế bào. Tế bào có xu hướng sử dụng glucose hơn là lactose để làm nguồn carbon vì glucose được biến dưỡng trực tiếp cung cấp carbon và tạo năng lượng. Các enzyme biến dưỡng glucose thuộc loại cấu trúc và tế bào tăng trưởng tối đa với nguồn glucose. Khi nguồn glucose cạn, tế bào phản ứng lại bằng cách tạo ra c-AMP. Việc tăng nồng độ c-AMP trong tế bào gây nên hàng loạt sự kiện, trong sự hiện diện của lactose, dẫn đến sự phiên mã các gen cấu trúc của operon lactose. 5.3.1. Cấu trúc của operon lactose Hệ thống lactose (lactose system) bình thường gồm có gen điều hòa (i hoặc R) và operon mang trình tự promoter (P) locus operator (O) và 3 gen cấu trúc cho β- galactosidase (Z), permease (Y) và transacetylase (A). Nhiều đột biến ở các locus này đã được phát hiện. 5.3.2. Hoạt động của hệ thống - Điều kiện cảm ứng (có lactose). Lactose được chuyển vào tế bào rất yếu vì chỉ có vài phân tử permease làm việc. Khi vào trong tế bào, một số lactose (liên kết β-1,4) được chuyển thành allolactose (liên kết β-1,6) nhờ β-galactosidase. Allolactose là chất cảm ứng, nó gắn vào protein kìm hãm và gây biến đổi cấu hình tạo phức hợp allolactose-repressor. Phức hợp này mất khả năng gắn operator. Lúc này operon được mở, RNA polymerase bắt đầu phiên mã các gen cấu trúc. Toàn bộ sự kiện diễn ra như trên hình 2.7. - Điều kiện không cảm ứng (không có lactose). Gen điều hòa của operon thường xuyên tổng hợp protein ức chế (repressor protein) ở mức thấp, vì nó có promoter ít hiệu quả. Sự tổng hợp các protein này bị tác động do nồng độ lactose trong tế bào. Ngược lại, promoter bình thường của operon lac gắn với RNA polymerase rất có hiệu quả. Khi không có đường lactose protein kìm hãm có hoạt tính (tạo ra do i+ hay R) gắn vào promoter hay “đọc” trình tự operator vì protein kìm hãm chiếm đoạn này. Như vậy, sự phiên mã của tất cả các gen cấu trúc của operon lac bị dừng. Số lượng permease tăng nên lactose vào tế bào với số lượng lớn và được phân hủy bởi β-galactosidase. Khi lactose được sử dụng cạn, các protein repressor gắn trở lại vào operator làm operon bị đóng; sự phiên mã các gen cấu trúc bị dừng. Bản thân gen điều hòa R chỉ có một promoter (Pi) và gen cấu trúc của protein kìm hãm. Promoter này yếu, khi các protein kìm hãm có số lượng cao, nó bị các protein này gắn vào làm dừng phiên mã.